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万見
- PDB-3i6i: Structure of the binary complex leucoanthocyanidin reductase - NA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i6i
タイトルStructure of the binary complex leucoanthocyanidin reductase - NADPH from vitis vinifera
要素Putative leucoanthocyanidin reductase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / short chain dehydrogenase reductase / flavonoid
機能・相同性
機能・相同性情報


leucoanthocyanidin reductase / leucoanthocyanidin reductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Phenylcoumaran benzylic ether reductase-like / : / NmrA-like domain / NmrA-like family / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold ...Phenylcoumaran benzylic ether reductase-like / : / NmrA-like domain / NmrA-like family / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Chem-NDP / Leucoanthocyanidin reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Vitis vinifera (ブドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Mauge, C. / Gargouri, M. / d'Estaintot, B.L. / Granier, T. / Gallois, B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure and catalytic mechanism of leucoanthocyanidin reductase from Vitis vinifera.
著者: Mauge, C. / Granier, T. / d'Estaintot, B.L. / Gargouri, M. / Manigand, C. / Schmitter, J.M. / Chaudiere, J. / Gallois, B.
履歴
登録2009年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年11月20日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative leucoanthocyanidin reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8663
ポリマ－38,0601
非ポリマー8052
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.079, 50.236, 67.424
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative leucoanthocyanidin reductase 1


分子量: 38060.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vitis vinifera (ブドウ) / 遺伝子: lar1 / プラスミド: PETGB1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3] / 参照: UniProt: Q4W2K4, leucoanthocyanidin reductase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Sodium acetate 0.36M, PEG 4000 38%, Tris 100mM, NaN3 3mM, glycerol 2.5%, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月8日
詳細: Pt coated mirrors in a kirkpatrick-Baez (KB) geometry
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→65.51 Å / Num. all: 28119 / Num. obs: 28119 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 15.161 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4067 / Rsym value: 0.339 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I52

3i52


解像度: 1.75→40.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.965 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19618 1414 5 %RANDOM
Rwork0.15204 ---
obs0.15419 26688 94.44 %-
all-26688 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 6.987 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å20.45 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→40.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2303 0 52 240 2595
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222488
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.511.9853406
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9993.0023989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7775322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.8423.905105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.64415393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5781515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212785
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.19541546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5684624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2782513
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8816942
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.43412887
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 104 -
Rwork0.259 1926 -
obs--92.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.42260.26670.36453.03610.15341.9947-0.0415-0.19770.16410.5712-0.01510.1318-0.2002-0.06310.05670.14480.00720.03120.033-0.01880.098813.0610.41221.597
21.89850.36860.48861.9821-0.3440.98620.0199-0.03890.09150.10280.01290.219-0.0622-0.1444-0.03270.01370.00710.02430.0234-0.00040.05194.074.2058.274
32.82830.4090.49090.7761-0.03060.62260.0201-0.1183-0.15290.08830.01420.02420.022-0.0485-0.03420.0235-0.00130.0260.0080.00320.05220.629-8.88312.07
44.0527-0.8847-7.66834.05615.18718.42610.5219-0.65260.25650.8166-0.42210.1677-0.66360.0858-0.09980.64280.2305-0.04430.7973-0.16570.2897-2.248-13.19227.527
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2A127 - 176
3X-RAY DIFFRACTION3A177 - 308
4X-RAY DIFFRACTION4A309 - 317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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