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- PDB-3i5y: Structure of Mss116p bound to ssRNA containing a single 5-BrU and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i5y
タイトルStructure of Mss116p bound to ssRNA containing a single 5-BrU and AMP-PNP
要素
  • 5'-R(*UP*UP*UP*(5BU)P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
  • ATP-dependent RNA helicase MSS116
キーワードHydrolase/RNA / Protein-RNA complex / RNA helicase / DEAD-box / ATP-binding / Helicase / Hydrolase / Mitochondrion / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleotide-binding / RNA-binding / Transit peptide / Translation regulation / Hydrolase-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Group II intron splicing / transcription elongation by mitochondrial RNA polymerase / mitochondrial RNA processing / mitochondrial translational initiation / RNA strand annealing activity / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial translational elongation / mitochondrial ribosome / Group I intron splicing / RNA folding ...Group II intron splicing / transcription elongation by mitochondrial RNA polymerase / mitochondrial RNA processing / mitochondrial translational initiation / RNA strand annealing activity / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial translational elongation / mitochondrial ribosome / Group I intron splicing / RNA folding / mRNA processing / regulation of translation / G-quadruplex RNA binding / RNA helicase activity / RNA helicase / mitochondrial matrix / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily ...DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / RNA / ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Del Campo, M. / Lambowitz, A.M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Structure of the Yeast DEAD box protein Mss116p reveals two wedges that crimp RNA
著者: Del Campo, M. / Lambowitz, A.M.
履歴
登録2009年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase MSS116
B: 5'-R(*UP*UP*UP*(5BU)P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1104
ポリマ－67,5792
非ポリマー5312
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area21710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.190, 126.352, 55.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase MSS116


分子量: 64483.715 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 37 to 597 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MSS116, YD9346.05C, YDR194C / プラスミド: pMAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: P15424, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*UP*UP*(5BU)P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'


分子量: 3095.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA fragment commercially available
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 8% tacsimate, 15% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.91842 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91842 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→35 Å / Num. all: 21524 / Num. obs: 21524 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 75.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.5.0070精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.5.0070位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3I5X

3i5x


解像度: 2.49→34.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU ML: 0.195 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.603 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24206 1057 4.9 %RANDOM
Rwork0.20386 ---
obs0.20573 20426 94.43 %-
all-21483 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→34.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3979 191 32 85 4287
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224287
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022885
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0732.0435836
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80937094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5885508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.39224.678171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.34715756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2551522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02803
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.494→2.559 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 57 -
Rwork0.277 1204 -
obs--75.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6485-0.48690.5534.0899-1.03182.42-0.1093-0.83190.30960.84760.09640.0823-0.4776-0.08280.01290.3487-0.01170.06370.2167-0.15590.151976.46543.61128.038
22.13610.5232-0.44791.6424-0.13761.12880.057-0.1310.24520.198-0.054-0.0653-0.08980.0909-0.0030.0298-0.0107-0.01130.0122-0.01150.082880.96737.92210.058
31.42190.1063-0.09522.0559-0.11030.74710.0317-0.1515-0.16770.08780.02780.07630.0821-0.014-0.05950.0238-0.0038-0.00260.02050.03280.074265.89810.07812.918
48.81811.24312.11832.73562.55177.0366-0.0660.2740.0333-0.34110.2036-0.0890.30890.7561-0.13760.13440.06030.04670.09770.0460.264781.415-10.8195.877
53.29332.0861-2.28385.8504-3.69682.7151-0.33850.2722-0.444-0.7423-0.0354-0.50460.4733-0.07550.37390.2582-0.01350.09060.0574-0.06180.211882.12916.743-1.794
60.07780.05270.82430.03580.55428.90360.0002-0.04110.0166-0.008-0.01530.0155-0.1753-0.38650.01510.0243-0.00070.03390.0512-0.05110.182766.76833.91216.767
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A88 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2A114 - 334
3X-RAY DIFFRACTION3A335 - 564
4X-RAY DIFFRACTION4A565 - 596
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 10
6X-RAY DIFFRACTION6A1000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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