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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3i5y | ||||||
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タイトル | Structure of Mss116p bound to ssRNA containing a single 5-BrU and AMP-PNP | ||||||
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![]() | Hydrolase/RNA / Protein-RNA complex / RNA helicase / DEAD-box / ATP-binding / Helicase / Hydrolase / Mitochondrion / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleotide-binding / RNA-binding / Transit peptide / Translation regulation / Hydrolase-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() Group II intron splicing / transcription elongation by mitochondrial RNA polymerase / mitochondrial RNA processing / RNA strand annealing activity / Group I intron splicing / RNA folding / mRNA processing / regulation of translation / RNA helicase activity / RNA helicase ...Group II intron splicing / transcription elongation by mitochondrial RNA polymerase / mitochondrial RNA processing / RNA strand annealing activity / Group I intron splicing / RNA folding / mRNA processing / regulation of translation / RNA helicase activity / RNA helicase / mitochondrial matrix / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Del Campo, M. / Lambowitz, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the Yeast DEAD box protein Mss116p reveals two wedges that crimp RNA 著者: Del Campo, M. / Lambowitz, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64483.715 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 37 to 597 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MSS116, YD9346.05C, YDR194C / プラスミド: pMAL / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P15424, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 3095.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA fragment commercially available |
#3: 化合物 | ChemComp-ANP / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 8% tacsimate, 15% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91842 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→35 Å / Num. all: 21524 / Num. obs: 21524 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 25.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 75.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3I5X 解像度: 2.49→34.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU ML: 0.195 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.603 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.49→34.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.494→2.559 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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