[日本語] English
万見
- PDB-3i5o: The X-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i5o
タイトルThe X-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with cellopentaose
要素Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / cellulose / carbohydrate-binding protein / periplasmic binding protein / cellopentaose
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll ...Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellopentaose / Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Cuneo, M.J. / Hellinga, H.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural Analysis of Semi-specific Oligosaccharide Recognition by a Cellulose-binding Protein of Thermotoga maritima Reveals Adaptations for Functional Diversification of the ...タイトル: Structural Analysis of Semi-specific Oligosaccharide Recognition by a Cellulose-binding Protein of Thermotoga maritima Reveals Adaptations for Functional Diversification of the Oligopeptide Periplasmic Binding Protein Fold.
著者: Cuneo, M.J. / Beese, L.S. / Hellinga, H.W.
履歴
登録2009年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2009年7月21日ID: 2O7J
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年8月22日Group: Other
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein
B: Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,1154
ポリマ－137,4572
非ポリマー1,6572
水15,979887
1
A: Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5572
ポリマ－68,7291
非ポリマー8291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5572
ポリマ－68,7291
非ポリマー8291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.110, 101.460, 108.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth seq-ID: 2 - 583 / Label seq-ID: 4 - 585

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain A and (resseq 2:583 )AA
2chain B and (resseq 2:583 )BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.988763, -0.024936, -0.1474), (0.026092, -0.999642, -0.005917), (-0.147199, -0.009696, 0.989059)
ベクター: 58.5578, 64.881599, 58.8339)
詳細The biological unit is a single polypeptide chain. There are two biological units in the deposited files.

-
要素

#1: タンパク質 Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein / Cellobiose-binding protein


分子量: 68728.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: tm0031, TM_0031 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q9WXN8
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellopentaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellopentaose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 887 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M NaCacodylate, pH 6.5, 0.2M Magnesium acetate, 20% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月6日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 205603 / Num. obs: 205603 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 22.456 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. measured obs: 93763 / Num. unique obs: 31437 / % possible all: 83.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEdata processing
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2O7I

2o7i


解像度: 1.5→48.67 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / FOM work R set: 0.802 / SU ML: 0.01 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 10324 5.02 %Random
Rwork0.204 ---
obs0.205 205555 96.24 %-
all-205555 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.652 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 71.44 Å2 / Biso mean: 23.436 Å2 / Biso min: 9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.968 Å20 Å20.373 Å2
2--12.333 Å20 Å2
3----10.354 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9529 0 112 887 10528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00510134
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07313868
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681433
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051758
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.733622
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A4666X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
12B4666X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.5170.3632830.3514779506271
1.517-1.5350.3782680.3395179544777
1.535-1.5540.3533160.3225533584982
1.554-1.5730.3272960.3056044634090
1.573-1.5940.3023190.2796492681196
1.594-1.6160.3013690.2646542691198
1.616-1.6390.2853320.2496665699798
1.639-1.6630.2793320.2456592692498
1.663-1.6890.2583670.2236638700598
1.689-1.7170.2323260.226659698598
1.717-1.7470.2444000.2186593699398
1.747-1.7780.2473730.2096654702799
1.778-1.8130.2323600.2046640700099
1.813-1.850.2273420.2076617695999
1.85-1.890.2313650.2016714707999
1.89-1.9340.2293700.2026627699799
1.934-1.9820.2373650.2026711707699
1.982-2.0360.2293190.2056670698999
2.036-2.0960.2433940.2076651704599
2.096-2.1630.2133190.1976755707499
2.163-2.2410.2493760.2016683705999
2.241-2.330.2183140.1986751706599
2.33-2.4360.2273600.2016705706599
2.436-2.5650.2363360.1976739707599
2.565-2.7260.2233540.2056766712099
2.726-2.9360.2183860.2076698708499
2.936-3.2310.223510.2066768711999
3.231-3.6990.23490.1936776712599
3.699-4.660.1693440.15767877131100
4.66-48.6950.1683390.1676803714298

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る