PDB-3i5k: Crystal structure of the NS5B polymerase from Hepatitis C Virus (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i5k

タイトル

Crystal structure of the NS5B polymerase from Hepatitis C Virus (HCV) strain JFH1

要素

RNA-directed RNA polymerase

キーワード

TRANSFERASE / RdRp structure (fingers / palm / thumb domains) / Apoptosis / ATP-binding / Capsid protein / Cell membrane / Disulfide bond / Endoplasmic reticulum / Envelope protein / Fusion protein / Glycoprotein / Helicase / Host-virus interaction / Hydrolase / Interferon antiviral system evasion / Lipid droplet / Lipoprotein / Membrane / Metal-binding / Mitochondrion / Multifunctional enzyme / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / Nucleus / Oncogene / Palmitate / Phosphoprotein / Protease / Ribonucleoprotein / RNA replication / RNA-binding / RNA-directed RNA polymerase / Secreted / Serine protease / SH3-binding / Thiol protease / Transcription / Transcription regulation / Transmembrane / Viral nucleoprotein / Virion

機能・相同性

機能・相同性情報

hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / Dectin-2 family / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding ...
類似検索 - 分子機能

: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal ...: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Hepatitis C virus JFH-1 (C型肝炎ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Simister, P.C. / Schmitt, M. / Lohmann, V. / Bressanelli, S.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2009
タイトル: Structural and functional analysis of hepatitis C virus strain JFH1 polymerase
著者: Simister, P. / Schmitt, M. / Geitmann, M. / Wicht, O. / Danielson, U.H. / Klein, R. / Bressanelli, S. / Lohmann, V.

履歴

登録	2009年7月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3i5k.ent.gz	387.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3i5k_full_validation.pdf.gz	488 KB	表示
XML形式データ	3i5k_validation.xml.gz	93.1 KB	表示
CIF形式データ	3i5k_validation.cif.gz	137.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/3i5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/3i5k	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4j0a-1 3gyn-2 4mib-2 5trk-1 3u4o-2 4jjs-1 2xhw-d 2d3z-2 5tri-1 3h5u-1 3h59-1 2xhv-1 3cwj-2 3h98-2 4jy0-1 4jtz-1 4ih6-1 3fqk-2 3fqk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (36) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-directed RNA polymerase

B: RNA-directed RNA polymerase

C: RNA-directed RNA polymerase

D: RNA-directed RNA polymerase

ヘテロ分子

254 kDa, 4 ポリマー
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1

A: RNA-directed RNA polymerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: RNA-directed RNA polymerase

ヘテロ分子

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3

C: RNA-directed RNA polymerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: RNA-directed RNA polymerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	130.560, 115.730, 133.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.18, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 1 - 566 / Label seq-ID: 1 - 566

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	C	C
2	2	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	RNA-directed RNA polymerase / NS5B / p68 分子量: 62972.258 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal catalytic region, UNP residues 2443-3007 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hepatitis C virus JFH-1 (C型肝炎ウイルス) 株: Genotype 2a, strain JFH1 / 遺伝子: NS5B, p68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99IB8, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1800 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 6 to 7% PEG20000, 0.2M NaH2PO4, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月20日
放射	モノクロメーター: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 191853 / % possible obs: 99.5 % / R_sym value: 0.114 / Net I/σ(I): 8.61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→29.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 9.5 / SU ML: 0.127 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22813	3969	2.1 %	RANDOM
R_work	0.19711	-	-	-
obs	0.19775	187370	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.314 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0 Å²	0.12 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17664	0	85	1800	19549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	18140
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.253	1.972	24642
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.845	5	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.508	22.35	732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.422	15	3072
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.467	15	160
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	13548
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	8398
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	12533
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.167	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.604	1.5	11645
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.05	2	18320
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.757	3	7444
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.823	4.5	6322
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2264	tight positional	0.03	0.05
2	C	2264	tight positional	0.03	0.05
1	A	2152	loose positional	0.33	5
2	C	2152	loose positional	0.29	5
1	A	2264	tight thermal	0.09	0.5
2	C	2264	tight thermal	0.07	0.5
1	A	2152	loose thermal	0.96	10
2	C	2152	loose thermal	0.8	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	274	-
R_work	0.28	13798	-
obs	-	-	99.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5162	-0.2222	0.1508	1.6998	-0.6958	0.9962	0.0139	-0.0179	-0.0307	-0.0883	0.0132	0.1021	-0.1173	-0.066	-0.0272	0.0487	0.0167	-0.0695	-0.0151	-0.001	0.0399	0.886	9.571	7.005
2	1.017	-0.3197	0.1848	1.9612	-0.2195	1.3208	0.0343	0.025	-0.0793	-0.2412	0.0159	0.0308	0.034	0.0846	-0.0502	-0.012	-0.0199	-0.0621	-0.0063	0.0004	-0.0145	9.568	-17.706	12.351
3	0.5387	0.2254	0.1448	1.7983	0.6625	1.1976	0.0368	0.0065	-0.0189	0.0956	0.0046	-0.0976	-0.1158	0.0628	-0.0414	-0.0151	-0.0169	-0.0901	-0.0029	-0.0065	0.0178	44.651	6.483	56.538
4	1.1549	0.2903	0.3162	2.1492	0.1036	1.2239	-0.0053	-0.0729	-0.052	0.14	0.0335	-0.0703	0.0785	-0.0711	-0.0281	-0.0695	0.0184	-0.062	0.0039	0.0021	-0.0271	35.97	-20.819	51.329
5	1.0253	0.4828	-0.5083	1.6505	-0.1144	1.1051	-0.0448	0.0374	0.0644	0.323	0.008	0.3797	0.1283	-0.0885	0.0368	0.0519	0.0078	0.0816	0.0047	0.0197	0.1075	-15.12	-21.904	57.989
6	1.335	0.5294	-0.6479	3.6204	-0.0519	1.7616	0.0198	-0.1064	0.1914	0.318	0.0604	0.2527	-0.1151	0.1832	-0.0802	0.0348	0.0228	0.062	0.03	-0.0003	0.0576	-4.779	5.066	58.983
7	1.1013	-0.466	-0.4605	1.7907	0.1931	0.9594	-0.0058	-0.0404	0.0854	-0.3819	-0.0024	-0.4248	0.0823	0.0762	0.0081	0.0543	-0.0023	0.0865	-0.0051	-0.0067	0.1066	60.709	-25.004	5.523
8	1.3917	-0.3561	-0.6369	3.5658	-0.0444	1.611	0.0257	0.0928	0.2104	-0.4373	0.0237	-0.2709	-0.0756	-0.1503	-0.0493	0.0651	-0.0151	0.0656	0.0183	-0.0056	0.0539	50.523	2.131	4.663

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	37 - 366
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	547 - 558
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 36
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	367 - 546
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	559 - 566
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 20
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	37 - 366
9	X-RAY DIFFRACTION	3	B	547 - 558
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	21 - 36
11	X-RAY DIFFRACTION	4	B	367 - 546
12	X-RAY DIFFRACTION	4	B	559 - 566
13	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 20
14	X-RAY DIFFRACTION	5	C	37 - 366
15	X-RAY DIFFRACTION	5	C	547 - 558
16	X-RAY DIFFRACTION	6	C	21 - 36
17	X-RAY DIFFRACTION	6	C	367 - 546
18	X-RAY DIFFRACTION	6	C	559 - 566
19	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 20
20	X-RAY DIFFRACTION	7	D	37 - 366
21	X-RAY DIFFRACTION	7	D	547 - 558
22	X-RAY DIFFRACTION	8	D	21 - 36
23	X-RAY DIFFRACTION	8	D	367 - 546
24	X-RAY DIFFRACTION	8	D	559 - 566

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