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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3i5e | ||||||||||||||||||
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タイトル | Allosteric Modulation of DNA by Small Molecules | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / DOUBLE STRANDED DNA / POLYAMIDE / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Chenoweth, D.M. / Dervan, P.B. | ![]() ![]() タイトル: Allosteric modulation of DNA by small molecules 著者: Chenoweth, D.M. / Dervan, P.B. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 32.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 383.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 390.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: YES | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.83 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 21% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 35 mM calcium acetate, 10 mM Tris pH 7.5 equilibrated in sitting drops against a reservoir of 35% MPD at 4 C., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.98→15.91 Å / Num. obs: 14260 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.7 |
反射 シェル | 解像度: 0.98→2.63 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / % possible all: 84.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.98→15.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 0.562 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 6.245 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.98→15.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 0.98→1.005 Å / Total num. of bins used: 20
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