PDB-3i4f: Structure of putative 3-oxoacyl-reductase from bacillus thuringiensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i4f

タイトル

Structure of putative 3-oxoacyl-reductase from bacillus thuringiensis

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / structural genomics / 3-oxoacyl-reductase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC

機能・相同性

NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Bacillus thuringiensis serovar kurstaki (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Ramagopal, U.A. / Kim, J. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of putative 3-oxoacyl-reductase from bacillus thuringiensis
著者: Ramagopal, U.A. / Kim, J. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2009年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2021年2月10日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i4f.cif.gz	191.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i4f.ent.gz	153.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i4f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3i4f_validation.pdf.gz	460.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i4f_full_validation.pdf.gz	471.5 KB	表示
XML形式データ	3i4f_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	3i4f_validation.cif.gz	46 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/3i4f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/3i4f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4osp-d 4bec-1 3gr6-d 4i5f-1 4oso-1 4bge-3 3kp0-3 3l77-1 5ica-d 2b36-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11165i

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.418, 86.592, 78.413
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.050, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase 分子量: 29598.635 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 37-287 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis serovar kurstaki (バクテリア) 株: T03a001 / 遺伝子: bthur0006_42590 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C3ERL8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

分子量: 29598.635 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 37-287 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus thuringiensis serovar kurstaki (バクテリア)
株: T03a001 / 遺伝子: bthur0006_42590 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C3ERL8

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M Acetate pH 4.5, 30% PEG400, 0.2M Calcium Acetate monohydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 36162 / Num. obs: 36162 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Χ²: 1.189 / Net I/σ(I): 8.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.49	4.2	0.449	3532	0.91	1	97.5
2.49-2.59	4.3	0.413	3569	0.953	1	99.1
2.59-2.7	4.4	0.332	3603	0.927	1	100
2.7-2.85	4.4	0.239	3635	1.022	1	100
2.85-3.02	4.4	0.164	3627	1.085	1	100
3.02-3.26	4.4	0.128	3608	1.218	1	100
3.26-3.58	4.3	0.087	3621	1.257	1	100
3.58-4.1	4.2	0.068	3660	1.466	1	100
4.1-5.17	4.1	0.056	3620	1.38	1	99.9
5.17-50	3.9	0.056	3687	1.743	1	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.39→27.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / WR_factor R_free: 0.247 / WR_factor R_work: 0.191 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.807 / SU B: 20.008 / SU ML: 0.209 / SU R Cruickshank DPI: 0.633 / SU R_free: 0.284 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.633 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	1841	5.1 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.195	36140	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.98 Å² / B_iso mean: 38.086 Å² / B_iso min: 19.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.62 Å²	0 Å²	-1.54 Å²
2-	-	-0.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→27.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7467	0	0	60	7527

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	7603
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.177	1.95	10271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.353	5	960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.77	24.59	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.367	15	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.424	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.469	1.5	4765
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.911	2	7659
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.389	3	2838
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.422	4.5	2610

LS精密化シェル

解像度: 2.39→2.456 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	116	-
R_work	0.258	2368	-
all	-	2484	-
obs	-	-	93.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5209	-0.0151	0.5185	1.3299	0.049	2.0477	-0.0416	0.456	-0.0904	-0.0198	0.0891	-0.14	0.1329	0.1028	-0.0475	0.0184	-0.0182	0.0034	0.1503	-0.004	0.0316	24.548	-3.106	18.742
2	1.4683	0.2158	0.1969	1.2915	0.1605	2.1593	0.0799	-0.2277	-0.0863	0.0618	-0.0316	-0.011	0.131	-0.0552	-0.0483	0.0221	-0.0153	0.0106	0.0952	0.013	0.0391	0.142	-2.167	57.209
3	1.6477	0.0167	0.2291	1.6151	-0.2137	1.9522	-0.0091	0.2486	0.2091	-0.0011	0.0329	0.0925	-0.1005	-0.0757	-0.0238	0.0061	-0.0021	-0.0025	0.1042	0.0546	0.0552	-6.007	3.447	24.42
4	1.2553	0.0497	0.3727	1.4687	-0.0467	1.8118	0.0512	-0.1196	0.1835	0.0164	0.018	-0.0309	-0.0368	0.1381	-0.0691	0.0038	-0.0099	0.0109	0.0864	-0.0109	0.0446	30.668	4.247	51.176

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	37 - 286
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	37 - 286
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	37 - 286
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	37 - 286

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関連情報:EMDBヘッダ

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