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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3i1i | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of homoserine O-acetyltransferase from Bacillus anthracis | ||||||
要素 | Homoserine O-acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / structural genomics / IDP01610 / homoserine / O-acetyltransferase / Bacillus anthracis / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 homoserine O-acetyltransferase / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / amino acid biosynthetic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (炭疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.44 Å | ||||||
データ登録者 | Osipiuk, J. / Zhou, M. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: X-ray crystal structure of homoserine O-acetyltransferase from Bacillus anthracis. 著者: Osipiuk, J. / Zhou, M. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3i1i.cif.gz | 166 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3i1i.ent.gz | 139.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3i1i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3i1i_validation.pdf.gz | 468.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3i1i_full_validation.pdf.gz | 475.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3i1i_validation.xml.gz | 31.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3i1i_validation.cif.gz | 45.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/3i1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/3i1i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | AUTHORS STATE THAT THE ASSEMBLY OF THE BIOLOGICAL UNIT THAT IS SHOWN IN REMARK 350 IS PUTATIVE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43720.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (炭疽菌) 株: Ames Ancestor, A2084 / 遺伝子: BAS4629, BA_4983, GBAA4983, GBAA_4983 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81KL4, UniProt: A0A6L7HCR9*PLUS #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.75 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris buffer, 1 M Ammonium phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月30日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.44→47.3 Å / Num. all: 50355 / Num. obs: 50355 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 49.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Χ2: 2.425 / Net I/σ(I): 28.003 |
反射 シェル | 解像度: 2.44→2.48 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.791 / Mean I/σ(I) obs: 2.81 / Num. unique all: 2470 / Χ2: 0.988 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.44→47.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 10.128 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.1 Å2 / Biso mean: 28.708 Å2 / Biso min: 4.27 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.44→47.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.44→2.5 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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