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万見
- PDB-3i0t: Sulfur-SAD at long wavelength: Structure of BH3703 from Bacillus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i0t
タイトルSulfur-SAD at long wavelength: Structure of BH3703 from Bacillus halodurans
要素BH3703 protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


BH3703-like domains / Immunity protein YezG-like / Immunity protein YezG-like superfamily / Immunity protein YezG-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle ...BH3703-like domains / Immunity protein YezG-like / Immunity protein YezG-like superfamily / Immunity protein YezG-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Wasserman, S. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Sulfur-SAD at long wavelength: Structure of BH3703 from Bacillus halodurans
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Wasserman, S. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BH3703 protein
B: BH3703 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8953
ポリマ－43,7982
非ポリマー961
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.469, 81.474, 92.071
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BH3703 protein


分子量: 21899.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
株: C-125 / JCM 9153 / 遺伝子: BH3703 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9K6M5
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: (NH4)2SO4 2.0 M, Tris pH 7.5, LiSO4 0.2M, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 2.26864 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月26日
放射プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.26864 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→33.03 Å / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.154 / Net I/σ(I): 37.354
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.27-2.3560.19743570.72790.9
2.35-2.456.70.15348110.796100
2.45-2.566.90.12248050.889100
2.56-2.696.90.147920.984100
2.69-2.8670.08248391.145100
2.86-3.0870.06947951.321100
3.08-3.397.10.05848051.385100
3.39-3.8870.05447891.431100
3.88-4.897.30.0547991.363100
4.89-507.40.04948111.34599.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.27→33.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.244 / WRfactor Rwork: 0.211 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.849 / SU B: 4.821 / SU ML: 0.122 / SU R Cruickshank DPI: 0.252 / SU Rfree: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1289 5.1 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.205 25268 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.72 Å2 / Biso mean: 34.371 Å2 / Biso min: 16.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20 Å2
2---2.03 Å20 Å2
3---1.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→33.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3011 0 5 189 3205
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2911.9184243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8865349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.19624.355186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.3815508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.9931510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8921.51743
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74122820
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.36531385
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8514.51423
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.333 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.448 85 -
Rwork0.321 1699 -
all-1784 -
obs--95.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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