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- PDB-3hyg: Crystal Structure of the Catalytic Domain of ADAMTS-5 in Complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hyg
タイトルCrystal Structure of the Catalytic Domain of ADAMTS-5 in Complex with an Amino-2-indanol compound
要素A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 5
キーワードHYDROLASE / alpha/beta structure / central five stranded beta-sheet / Cleavage on pair of basic residues / Disulfide bond / Extracellular matrix / Glycoprotein / Metal-binding / Metalloprotease / Polymorphism / Protease / Secreted / Zinc / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / pulmonary valve morphogenesis / myoblast fusion / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / extracellular matrix binding / aortic valve morphogenesis / negative regulation of cold-induced thermogenesis / endocardial cushion morphogenesis / extracellular matrix disassembly ...Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / pulmonary valve morphogenesis / myoblast fusion / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / extracellular matrix binding / aortic valve morphogenesis / negative regulation of cold-induced thermogenesis / endocardial cushion morphogenesis / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / integrin binding / heparin binding / peptidase activity / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum lumen / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M12B, ADAM-TS5 / Thrombospondin type 1 domain / ADAMTS/ADAMTS-like, Spacer 1 / ADAMTS/ADAMTS-like / ADAMTS, cysteine-rich domain 2 / ADAMTS/ADAMTS-like, cysteine-rich domain 3 / : / ADAM-TS Spacer 1 / ADAMTS cysteine-rich domain 2 / ADAMTS cysteine-rich domain ...Peptidase M12B, ADAM-TS5 / Thrombospondin type 1 domain / ADAMTS/ADAMTS-like, Spacer 1 / ADAMTS/ADAMTS-like / ADAMTS, cysteine-rich domain 2 / ADAMTS/ADAMTS-like, cysteine-rich domain 3 / : / ADAM-TS Spacer 1 / ADAMTS cysteine-rich domain 2 / ADAMTS cysteine-rich domain / ADAM, cysteine-rich domain / ADAM Cysteine-Rich Domain / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-099 / A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Shieh, H.-S. / Williams, J.M. / Caspers, N. / Mathis, K.J. / Tortorella, M.D. / Tomasselli, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural and inhibition analysis reveals the mechanism of selectivity of a series of aggrecanase inhibitors
著者: Tortorella, M.D. / Tomasselli, A.G. / Mathis, K.J. / Schnute, M.E. / Woodard, S.S. / Munie, G. / Williams, J.M. / Caspers, N. / Wittwer, A.J. / Malfait, A.M. / Shieh, H.S.
履歴
登録2009年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 5
B: A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,98512
ポリマ－48,8732
非ポリマー1,11210
水10,575587
1
A: A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9936
ポリマ－24,4371
非ポリマー5565
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9936
ポリマ－24,4371
非ポリマー5565
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.818, 44.491, 76.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細dimer in the aymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 5 / ADAMTS-5 / ADAM-TS 5 / ADAM-TS5 / Aggrecanase-2 / ADMP-2 / A disintegrin and metalloproteinase with ...ADAMTS-5 / ADAM-TS 5 / ADAM-TS5 / Aggrecanase-2 / ADMP-2 / A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 11 / ADAMTS-11 / ADAM-TS 11


分子量: 24436.645 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic Domain (UNP residues 262 to 480) / 変異: L282K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAMTS-5, ADAMTS11, ADAMTS5, ADMP2 / プラスミド: PPHA79257 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MON208
参照: UniProt: Q9UNA0, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-099 / (2R)-N~4~-hydroxy-2-(3-hydroxybenzyl)-N~1~-[(1S,2R)-2-hydroxy-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]butanediamide / (2R)-2-(3-ヒドロキシベンジル)-N-[(1S,2R)-2α-ヒドロキシインダン-1α-イル]-N′-ヒドロキ(以下略)


分子量: 370.399 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N2O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 3350, 200 mM ammonium acetate, 100 mM Tris pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. all: 70408 / Num. obs: 70056 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -1.5 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 6795 / Rsym value: 0.259 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: protein code 3B8Z

3b8z


解像度: 1.4→26.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 0.985 / SU ML: 0.041 / Isotropic thermal model: Individual isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2103 3536 5 %RANDOM
Rwork0.18084 ---
obs0.18236 66502 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.837 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å20 Å2-0.16 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→26.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3336 0 62 587 3985
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0213462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3751.9594692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.595432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.42824.026154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.09815580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7951520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022648
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21814
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.22371
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2424
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0860.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8551.52183
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45123434
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.04631386
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.144.51258
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 258 -
Rwork0.217 4793 -
obs--97.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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