PDB-3hyb: Crystal structure of RbcX from Anabaena, crystal form II

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hyb

タイトル

Crystal structure of RbcX from Anabaena, crystal form II

要素

RbcX protein

キーワード

CHAPERONE / RuBisCO / protein complex assembly

機能・相同性

機能・相同性情報

ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis / protein folding chaperone / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Anabaena sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Bracher, A. / Liu, C.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Coupled chaperone action in folding and assembly of hexadecameric Rubisco.
著者: Cuimin Liu / Anna L Young / Amanda Starling-Windhof / Andreas Bracher / Sandra Saschenbrecker / Bharathi Vasudeva Rao / Karnam Vasudeva Rao / Otto Berninghausen / Thorsten Mielke / F Ulrich ...
要旨: Form I Rubisco (ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase), a complex of eight large (RbcL) and eight small (RbcS) subunits, catalyses the fixation of atmospheric CO(2) in photosynthesis. The ...

履歴

登録	2009年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年3月21日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hyb.cif.gz	60.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hyb.ent.gz	44 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hyb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/3hyb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/3hyb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1654C 1655C 1656C 2wvwC 2peoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ejo-2 4cn3-2 1slb-2 3hv1-3 2rex-1 1z6d-d 5eip-d 3v4h-d 4mx3-2 2z45-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #11 - 2000年11月ルビスコ (Rubisco) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RbcX protein

B: RbcX protein

ヘテロ分子

35.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.990, 74.990, 123.841
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	RbcX protein 分子量: 17694.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. (バクテリア) / 遺伝子: rbcX / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q44212
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris-HCl pH 5.5, 1 % PEG-3350, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→57.51 Å / Num. obs: 18396 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.059 / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 8.468

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.3-2.42	4.1	0.301	2.5	10479	2582	0.301	97.7
2.42-2.57	4.7	0.203	3.7	11591	2467	0.203	98.7
2.57-2.75	5.4	0.156	4.8	12819	2370	0.156	100
2.75-2.97	5.4	0.115	6.3	11923	2209	0.115	100
2.97-3.25	5.4	0.082	8.7	11080	2057	0.082	100
3.25-3.64	5.4	0.06	11.1	9886	1833	0.06	100
3.64-4.2	5.3	0.047	13.1	8927	1673	0.047	100
4.2-5.14	5.3	0.048	11.6	7478	1417	0.048	100
5.14-7.27	5.2	0.047	11.3	5812	1125	0.047	100
7.27-64.96	4.7	0.028	19.5	3087	663	0.028	99.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	57.51 Å
Translation	3 Å	57.51 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2peo

2peo

解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / WR_factor R_free: 0.294 / WR_factor R_work: 0.272 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.81 / SU B: 15.617 / SU ML: 0.188 / SU R Cruickshank DPI: 0.269 / SU R_free: 0.222 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.275	937	5.1 %	RANDOM
R_work	0.246	-	-	-
obs	0.247	18324	99.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.49 Å² / B_iso mean: 36.305 Å² / B_iso min: 21.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0.15 Å²	0 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1768	0	5	44	1817

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.364	1.98	2563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.27	5	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.179	25.063	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.158	15	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.467	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	898
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.294	0.2	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.23	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.278	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.501	1.5	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.873	2	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.518	3	726
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.281	4.5	645

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	60	-
R_work	0.313	1230	-
all	-	1290	-
obs	-	-	97.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2309	-4.136	2.6275	3.4062	-2.0085	1.3282	-0.212	0.336	-0.25	0.2496	0.0832	0.0648	0.3438	0.2296	0.1287	0.1503	0.2455	-0.0854	-0.041	-0.0342	-0.1296	31.969	8.496	11.05
2	19.2072	-3.3483	10.9502	2.387	-4.5938	10.2404	1.1727	1.1514	-1.4344	-0.4327	-0.9362	-0.2801	1.4134	1.7105	-0.2364	0.1732	0.3624	-0.0574	0.5915	0.0694	-0.0545	28.241	14.472	2.819
3	5.5252	-3.0584	2.3755	7.7298	-2.6268	3.8587	0.066	0.3208	-0.4928	0.3305	0.1455	0.1958	0.3371	-0.0587	-0.2114	-0.0918	0.1335	-0.0519	-0.0616	-0.0819	-0.0395	29.635	7.595	16.771
4	12.3749	-12.3815	-2.2963	14.0725	1.9572	2.3432	0.8287	0.9062	-0.631	-1.2053	-0.4901	0.7859	0.0573	0.1219	-0.3386	0.3446	0.1442	-0.2595	0.055	-0.16	-0.073	31.572	0.334	13.759
5	10.8855	-1.0487	-2.6763	12.5386	5.8767	10.2845	0.375	1.837	-0.3948	-2.42	-1.4024	2.5899	-0.4794	-1.7464	1.0273	0.7471	0.4801	-0.5173	0.6586	-0.3041	0.5273	34.36	-14.672	5.133
6	5.0121	-6.0212	1.7278	12.4279	-2.8205	3.5816	-0.0279	0.6173	0.5586	-0.1454	-0.0199	-0.3147	0.0845	0.1932	0.0478	-0.0171	0.1674	-0.0941	0.0467	-0.03	-0.0704	39.57	6.026	17.264

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-9 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	42 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	57 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	-9 - 36
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	37 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	65 - 105

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