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- PDB-3hxq: Crystal Structure of Von Willebrand Factor (VWF) A1 Domain in Com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hxq
タイトルCrystal Structure of Von Willebrand Factor (VWF) A1 Domain in Complex with DNA Aptamer ARC1172, an Inhibitor of VWF-Platelet Binding
要素
  • Aptamer ARC1172
  • von Willebrand Factor
キーワードBLOOD CLOTTING/BLOOD CLOTTING REGULATOR / ARC1779 / VWF / Platelet Glycoprotein Ib / Aptamer / ARC1772 / Blood coagulation / Cell adhesion / Cleavage on pair of basic residues / Disease mutation / Disulfide bond / Extracellular matrix / Glycoprotein / Hemostasis / Isopeptide bond / Secreted / von Willebrand disease / BLOOD CLOTTING-BLOOD CLOTTING REGULATOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Weibel-Palade body / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen ...Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Weibel-Palade body / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of intracellular signal transduction / GP1b-IX-V activation signalling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cell-substrate adhesion / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / immunoglobulin binding / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin cell surface interactions / collagen binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Integrin signaling / extracellular matrix / platelet alpha granule lumen / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / response to wounding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / blood coagulation / integrin binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. ...von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / von Willebrand factor, type A domain / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / von Willebrand factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.694 Å
データ登録者Huang, R.H. / Sadler, J.E. / Fremont, D.H. / Diener, J.L. / Schaub, R.G.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: A structural explanation for the antithrombotic activity of ARC1172, a DNA aptamer that binds von Willebrand factor domain A1.
著者: Huang, R.H. / Fremont, D.H. / Diener, J.L. / Schaub, R.G. / Sadler, J.E.
#1: ジャーナル: Circulation / 年: 2007
タイトル: First-in-human evaluation of anti von Willebrand factor therapeutic aptamer ARC1779 in healthy volunteers.
著者: Gilbert, J.C. / DeFeo-Fraulini, T. / Hutabarat, R.M. / Horvath, C.J. / Merlino, P.G. / Marsh, H.N. / Healy, J.M. / Boufakhreddine, S. / Holohan, T.V. / Schaub, R.G.
#2: ジャーナル: J.Thromb.Haemost. / 年: 2009
タイトル: Inhibition of von Willebrand factor-mediated platelet activation and thrombosis by the anti-von Willebrand factor A1-domain aptamer ARC1779.
著者: Diener, J.L. / Daniel Lagasse, H.A. / Duerschmied, D. / Merhi, Y. / Tanguay, J.F. / Hutabarat, R. / Gilbert, J. / Wagner, D.D. / Schaub, R.
履歴
登録2009年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32012年3月21日Group: Database references
改定 1.42017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: von Willebrand Factor
B: Aptamer ARC1172


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7742
ポリマ－36,7742
非ポリマー00
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area15330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.781, 48.512, 62.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-152-

HOH

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要素

#1: タンパク質 von Willebrand Factor / vWF / von Willebrand antigen 2 / von Willebrand antigen II


分子量: 23889.627 Da / 分子数: 1
断片: von Willebrand factor (VWF) A1 Domain (residues 1260-1468)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04275
#2: DNA鎖 Aptamer ARC1172


分子量: 12884.188 Da / 分子数: 1 / 断片: Aptamer ARC1172 / 由来タイプ: 合成
詳細: ARC1172 is a DNA oligonucleotides that bind specific target molecules, identified by selection in vitro from large random sequence libraries (termed SELEX: systematic evolution of ligands by ...詳細: ARC1172 is a DNA oligonucleotides that bind specific target molecules, identified by selection in vitro from large random sequence libraries (termed SELEX: systematic evolution of ligands by exponential enrichment)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細AUTHOR STATE THAT THE LAST RESIDUE OF THE DNA POLYMER IS AN INVERTED-DT WHICH IS NOT MODELED DUE TO ...AUTHOR STATE THAT THE LAST RESIDUE OF THE DNA POLYMER IS AN INVERTED-DT WHICH IS NOT MODELED DUE TO DISORDER. 3' INVERTED DT IS LINKED TO THE PHOSPHATE GROUP OF ITS PREVIOUS RESIDUE BY THE THIRD CARBON ATOMS OF THE SUGAR RINGS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4.6
詳細: 0.2 M NH4Ac, 0.1 M NaAc, 30% PEG4000, pH 4.6, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月17日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.694→38 Å / Num. obs: 9819 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.69→2.8 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 83.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HXO

3hxo


解像度: 2.694→38 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 27.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 471 4.81 %
Rwork0.221 9312 -
obs0.223 9783 94.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.193 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 170.21 Å2 / Biso mean: 63.419 Å2 / Biso min: 17.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.694→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1618 833 0 102 2553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7253667
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.2671044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002327
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.694-3.08370.35271470.29352828X-RAY DIFFRACTION89
3.0837-3.88460.25351780.21293103X-RAY DIFFRACTION96
3.8846-38.24750.26381460.19973381X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.9018-3.52711.35735.27540.31874.32060.53590.68510.7053-0.5113-0.6896-0.83950.29610.62480.00070.23580.18610.11630.26060.16410.130143.7633-33.384111.8842
21.6195-0.68571.84322.8935-1.43264.9929-0.1891-0.21850.12620.46170.00260.83640.0117-1.3092-0.02520.28320.25170.00360.5948-0.17650.565515.7255-16.984516.6704
3-0.0242-0.00840.0216-0.05240.03150.24510.03080.10580.0273-0.03080.03830.0298-0.02910.0567-00.29720.0096-0.01860.22260.11930.093730.1872-26.726214.2476
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and not (water)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and not (water)B0
3X-RAY DIFFRACTION3water0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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