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- PDB-3hvh: Rat catechol O-methyltransferase in complex with a catechol-type,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hvh
タイトルRat catechol O-methyltransferase in complex with a catechol-type, N6-methyladenine-containing bisubstrate inhibitor
要素Catechol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION / Alternative initiation / Catecholamine metabolism / Cell membrane / Magnesium / Membrane / Metal-binding / Phosphoprotein / S-adenosyl-L-methionine / Signal-anchor / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of homocysteine metabolic process / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process ...positive regulation of homocysteine metabolic process / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process / catechol O-methyltransferase / developmental process / renal sodium excretion / renal filtration / S-adenosylmethionine metabolic process / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / catecholamine metabolic process / renal albumin absorption / artery development / habituation / cerebellar cortex morphogenesis / dopamine catabolic process / glomerulus development / response to salt / norepinephrine metabolic process / short-term memory / fear response / response to angiotensin / synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to phosphate starvation / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / cholesterol efflux / exploration behavior / response to food / prostaglandin metabolic process / response to corticosterone / negative regulation of dopamine metabolic process / response to pain / response to temperature stimulus / glycogen metabolic process / response to stress / startle response / dopamine metabolic process / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / : / response to cytokine / response to amphetamine / female pregnancy / learning / kidney development / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / visual learning / regulation of blood pressure / memory / multicellular organism growth / response to toxic substance / response to wounding / response to estrogen / cognition / cell body / methylation / response to lipopolysaccharide / vesicle / gene expression / dendritic spine / response to oxidative stress / postsynaptic membrane / learning or memory / response to hypoxia / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / axon / dendrite / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-542 / Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Ehler, A. / Schlatter, D. / Stihle, M. / Benz, J. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2009
タイトル: Molecular recognition at the active site of catechol-o-methyltransferase: energetically favorable replacement of a water molecule imported by a bisubstrate inhibitor.
著者: Ellermann, M. / Jakob-Roetne, R. / Lerner, C. / Borroni, E. / Schlatter, D. / Roth, D. / Ehler, A. / Rudolph, M.G. / Diederich, F.
履歴
登録2009年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年8月8日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,07410
ポリマ－24,7721
非ポリマー1,3029
水5,152286
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.587, 56.248, 78.546
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Catechol O-methyltransferase


分子量: 24772.400 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE FORM, UNP RESIDUES 44-264 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 組織: LIVER / プラスミド: pDS56/RBSII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P22734, catechol O-methyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 295分子

#2: 化合物 ChemComp-542 / N-[(E)-3-[(2R,3S,4R,5R)-3,4-dihydroxy-5-(6-methylaminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]prop-2-enyl]-5-(4-fluorophenyl)-2,3-dihydroxy-benzamide / N-[2-(N-メチル-5′-デオキシアデノシン-5′-イリデン)エチル]-4′-フルオロ-4,5-ジヒドロキシ-1,(以下略)


分子量: 536.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H25FN6O6
#3: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.47 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→31.02 Å / Num. obs: 54871 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1007 / Rsym value: 0.523 / % possible all: 68.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
COMO位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→31.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.296 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15293 2579 5 %RANDOM
Rwork0.12954 ---
obs0.13073 48922 91.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.915 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20 Å20 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→31.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1679 0 81 286 2046
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221905
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7562.0272612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99533182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5465248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.80924.580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.42115340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7581511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212083
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8381.51116
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8811.5449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.68221824
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7573789
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3454.5771
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.75733193
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.8273292
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.38133139
LS精密化 シェル解像度: 1.298→1.332 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 126 -
Rwork0.193 2557 -
obs--65.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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