PDB-3hvg: Structure of bace (beta secretase) in Complex with EV0

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hvg

タイトル

Structure of bace (beta secretase) in Complex with EV0

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE / PROTEASE / ALZHEIMER'S DISEASE / ASPARTIC PROTEASE / ASPARTYL PROTEASE / BASE / BETA-SECRETASE / GLYCOPROTEIN / MEMAPSIN 2 / Amyloid Precursor Protein Secretases / Aspartic Endopeptidases / fragment-based drug design / Fluorescence polarisation / Disulfide bond / Transmembrane / Zymogen

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / prepulse inhibition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Godemann, R. / Madden, J. / Kramer, J. / Smith, M.A. / Barker, J. / Ebneth, A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Fragment-Based Discovery of BACE1 Inhibitors Using Functional Assays
著者: Godemann, R. / Madden, J. / Kramer, J. / Smith, M.A. / Fritz, U. / Hesterkamp, T. / Barker, J. / Hoeppner, S. / Hallett, D. / Cesura, A. / Ebneth, A. / Kemp, J.

履歴

登録	2009年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月31日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3hvg.ent.gz	186.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hvg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3hvg_validation.pdf.gz	449.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hvg_full_validation.pdf.gz	454.9 KB	表示
XML形式データ	3hvg_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	3hvg_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/3hvg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/3hvg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hw1C 2b8lS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hw1-2 4j1e-d 6jsg-d 2ph6-d 1ym2-2 5htz-1 3exo-d 6nv9-1 3ivh-d 3n4l-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (6) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

138 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	232.550, 100.130, 64.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.73, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / BBACE1 / eta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / ...BBACE1 / eta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Membrane-associated aspartic protease 2 / Memapsin-2 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / ASP2 分子量: 45794.371 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 46-453 / 変異: R(-5)K, R(-4)T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-EV0 / 2-amino-6-propylpyrimidin-4(3H)-one / 2-アミノ-6-プロピルピリミジン-4(3H)-オン分子量: 153.182 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁N₃O
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 10% PEG 4000, 100mM MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月15日
放射	モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→48.34 Å / Num. all: 66620 / Num. obs: 66428 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 29.654 Å² / R_merge(I) obs: 0.045 / R_sym value: 0.045 / Net I/σ(I): 13.26
反射シェル	解像度: 2.25→2.44 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / Num. unique all: 13253 / R_sym value: 0.347 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SLSPX		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2B8L

2b8l

解像度: 2.26→48.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 20.718 / SU ML: 0.236 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26487	3318	5 %	RANDOM
R_work	0.22245	-	-	-
obs	0.22456	63110	100 %	-
all	-	66620	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.654 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.87 Å²	0 Å²	-1.19 Å²
2-	-	-1.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.26→48.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8830	0	39	180	9049

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	9120
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8087
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.154	1.95	12394
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.732	3	18783
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.725	5	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.067	23.78	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.154	15	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.241	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10203
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	8063
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	4331
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	5330
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.117	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.269	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.209	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.102	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.719	2	7189
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.118	2	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.918	3	9007
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.221	4	4293
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.734	6	3386

LS精密化シェル

解像度: 2.262→2.32 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.49	216	-
R_work	0.462	4183	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.2241	-8.3419	3.8104	21.3701	-5.257	3.8199	0.405	0.8754	0.3236	-1.3188	-0.5838	-0.5956	0.2919	0.4406	0.1789	-0.1226	-0.039	0.0846	-0.1308	-0.0588	-0.4152	-27.991	-61.006	13.534
2	6.075	0.788	1.309	1.1536	-0.0782	2.123	-0.1478	0.0059	0.5387	-0.1684	0.1033	0.2073	-0.0294	-0.0081	0.0444	-0.1213	-0.0486	0.0579	-0.2357	-0.0484	-0.372	-45.193	-56.623	15.197
3	24.3008	24.3311	-8.5709	31.92	-5.8653	12.4778	1.0665	-1.4976	3.2053	1.3612	-0.7491	0.5371	-1.3081	1.3534	-0.3175	0.0707	-0.0414	0.0254	-0.0072	-0.2442	0.2314	-51.399	-46.87	19.869
4	5.3034	0.9116	1.2959	2.4701	0.1232	1.2351	-0.2128	-0.3638	1.1643	0.1809	-0.1286	0.045	-0.2002	-0.1288	0.3415	-0.1329	0.0283	-0.024	-0.1402	-0.139	-0.094	-22.745	-46.693	28.803
5	22.9667	-5.5358	9.2965	19.8751	-9.5426	15.0932	0.1205	2.0207	1.2423	-1.7404	-0.1829	-0.8673	-0.66	0.8336	0.0624	0.3816	-0.2048	0.4308	0.1457	-0.2452	-0.198	-20.957	-85.895	-8.372
6	3.7328	2.142	0.7995	7.7223	3.1772	4.0643	-0.1715	0.2863	-0.108	-0.7587	0.6955	-1.3405	-0.4233	0.8087	-0.5241	-0.0083	-0.0972	0.2057	0.0134	-0.2219	-0.0089	-16.054	-78.966	7.441
7	2.6448	-11.5367	-4.1071	50.3357	18.2959	18.0145	-0.5708	-0.0497	-0.7809	3.0414	0.533	-1.2853	2.3406	0.207	0.0378	0.133	0.0406	-0.0321	0.1135	-0.2205	0.371	-13.35	-83.483	19.034
8	1.3661	0.4558	0.5157	5.053	1.8719	2.2976	0.0992	-0.0112	-0.236	0.1662	0.1871	-0.592	0.0433	0.2977	-0.2862	-0.0912	0.0205	0.0222	-0.107	-0.139	-0.2163	-27.159	-104.05	1.911
9	8.6367	-4.0616	4.9553	16.152	-7.6438	8.9136	0.1169	0.1055	-0.5519	0.2899	0.2346	0.4323	0.054	-0.3269	-0.3516	-0.1623	0.06	0.051	-0.0488	-0.0878	-0.3282	-74.561	-23.585	42.291
10	5.1399	0.8572	-0.957	3.5731	1.3806	2.9552	0.329	1.0188	-1.4596	-0.6046	-0.1413	0.881	0.5335	-0.3026	-0.1876	0.2196	0.1689	-0.2171	0.3477	-0.5187	0.2636	-73.777	-38.1	31.6
11	29.212	-1.6482	19.2104	17.3882	12.3967	23.1404	0.917	1.5651	-2.1893	-0.2574	-0.4863	0.5774	1.8152	1.6176	-0.4308	0.4378	0.1351	0.0985	0.5513	-0.085	0.6005	-65.653	-47.339	29.791
12	2.8859	-0.2871	0.9615	1.9666	0.4559	2.3343	0.2429	0.6072	-0.5344	-0.1268	0.059	-0.296	0.1995	0.2466	-0.302	-0.0989	0.0978	0.0136	-0.0749	-0.2168	-0.1606	-53.254	-25.45	45.631

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-4 - 0
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	12 - 63
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	81 - 146
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	64 - 80
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	147 - 385
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 11
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-3 - 0
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	12 - 63
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	81 - 146
11	X-RAY DIFFRACTION	7	B	64 - 80
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	147 - 385
13	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 11
14	X-RAY DIFFRACTION	9	C	-4 - 0
15	X-RAY DIFFRACTION	10	C	12 - 63
16	X-RAY DIFFRACTION	10	C	81 - 146
17	X-RAY DIFFRACTION	11	C	64 - 80
18	X-RAY DIFFRACTION	12	C	147 - 385

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)