[日本語] English
万見
- PDB-3hvd: The Protective Antigen Component of Anthrax Toxin Forms Functiona... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hvd
タイトルThe Protective Antigen Component of Anthrax Toxin Forms Functional Octameric Complexes
要素Protective antigen
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TOXIN / Bacillus Anthracis / Anthrax Protective Antigen / Octamer / Xray-Crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


protein homooligomerization / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protective antigen, heptamerisation domain / Immunoglobulin-like - #810 / Ubiquitin-like (UB roll) - #110 / Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 ...Protective antigen, heptamerisation domain / Immunoglobulin-like - #810 / Ubiquitin-like (UB roll) - #110 / Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / PA14 domain / PA14 / PA14 domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Jelly Rolls / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protective antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.209 Å
データ登録者Kintzer, A.F. / Dong, K.C. / Berger, J.M. / Krantz, B.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The protective antigen component of anthrax toxin forms functional octameric complexes.
著者: Kintzer, A.F. / Thoren, K.L. / Sterling, H.J. / Dong, K.C. / Feld, G.K. / Tang, I.I. / Zhang, T.T. / Williams, E.R. / Berger, J.M. / Krantz, B.A.
履歴
登録2009年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protective antigen
B: Protective antigen
C: Protective antigen
D: Protective antigen
E: Protective antigen
F: Protective antigen
G: Protective antigen
H: Protective antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)492,74024
ポリマ－492,0998
非ポリマー64116
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protective antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5933
ポリマ－61,5121
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protective antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5933
ポリマ－61,5121
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Protective antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5933
ポリマ－61,5121
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Protective antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5933
ポリマ－61,5121
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Protective antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5933
ポリマ－61,5121
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Protective antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5933
ポリマ－61,5121
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Protective antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5933
ポリマ－61,5121
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
A: Protective antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5933
ポリマ－61,5121
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.602, 125.670, 125.823
Angle α, β, γ (deg.)106.64, 110.82, 110.98
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
12B
22D
32F
42H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...A174 - 273
121chain A and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...A287 - 302
131chain A and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...A327 - 338
141chain A and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...A345 - 734
151chain A and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...A736 - 739
211chain C and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...C174 - 273
221chain C and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...C287 - 302
231chain C and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...C327 - 338
241chain C and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...C345 - 734
251chain C and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...C736 - 739
311chain E and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...E174 - 273
321chain E and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...E287 - 302
331chain E and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...E327 - 338
341chain E and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...E345 - 734
351chain E and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...E736 - 739
411chain G and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...G174 - 273
421chain G and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...G287 - 302
431chain G and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...G327 - 338
441chain G and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...G345 - 734
451chain G and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...G736 - 739
112chain B and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...B174 - 273
122chain B and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...B287 - 302
132chain B and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...B327 - 338
142chain B and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...B345 - 734
152chain B and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...B736 - 739
212chain D and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...D174 - 273
222chain D and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...D287 - 302
232chain D and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...D327 - 338
242chain D and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...D345 - 734
252chain D and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...D736 - 739
312chain F and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...F174 - 273
322chain F and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...F287 - 302
332chain F and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...F327 - 338
342chain F and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...F345 - 734
352chain F and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...F736 - 739
412chain H and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...H174 - 273
422chain H and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...H287 - 302
432chain H and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...H327 - 338
442chain H and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...H345 - 734
452chain H and (resseq 174:273 or resseq 287:302 or resseq...H736 - 739

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Protective antigen


分子量: 61512.352 Da / 分子数: 8 / 断片: Membrane Insertion Loop (305-324) Deleted / 変異: V303P,H304G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: pa, PAG / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08G54
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE CRYSTALLIZED PROTEIN IS A MEMBRANE INSERTION LOOP (MIL)-DELETED VARIANT OF WILD TYPE PA. ...THE CRYSTALLIZED PROTEIN IS A MEMBRANE INSERTION LOOP (MIL)-DELETED VARIANT OF WILD TYPE PA. RESIDUES 305-324 WERE DELETED, ENCOMPASSING THE MIL. IN THE PROCESS, TWO POINT MUTATIONS (V303P AND H304G) WERE INTRODUCED, ULTIMATELY TO REPLACE THE MIL WITH A TYPE II TURN. RESIDUE NUMBERING IS EXACTLY AS IN PDB 1ACC
配列の詳細THE RESIDUE AT POSITION 669 IS ARG, AS LISTED IN UNP ENTRY P13423. R669 IS LIKELY THE WILD TYPE ...THE RESIDUE AT POSITION 669 IS ARG, AS LISTED IN UNP ENTRY P13423. R669 IS LIKELY THE WILD TYPE SEQUENCE RESIDUE

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.34 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 74 mM sodium acetate, 7 mM Tris, 0.62 M NaCl, 37 mM tetrabutylammonium bromide, 7% ethanol, 0.07% n-dodecyl-D-maltopyranoside, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.0712 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.209→47.2745 Å / Num. all: 94967 / Num. obs: 87387 / % possible obs: 98.14 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 10.78
反射 シェル解像度: 3.209→3.2451 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 94967 / Rsym value: 0.595 / % possible all: 90.28

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 2009_02_15_2320_3)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TZO

1tzo


解像度: 3.209→47.274 Å / SU ML: 3.22 / σ(F): 0.14 / σ(I): 2.07 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 4392 5.03 %RANDOM
Rwork0.2099 ---
all0.2118 94967 --
obs0.2118 87347 90.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.402 Å2 / ksol: 0.264 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.209→47.274 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32677 0 16 8 32701
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A4050X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
12C4050X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
13E4051X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
14G4054X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.017
21B4036X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
22D4036X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
23F4046X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
24H4042X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.209-3.24510.37991090.30952098X-RAY DIFFRACTION68
3.2451-3.28320.35961390.29682536X-RAY DIFFRACTION83
3.2832-3.32330.35961300.29322581X-RAY DIFFRACTION84
3.3233-3.36530.35011140.2852513X-RAY DIFFRACTION84
3.3653-3.40960.30111430.26722616X-RAY DIFFRACTION84
3.4096-3.45630.33931360.26442620X-RAY DIFFRACTION86
3.4563-3.50560.31741510.24972716X-RAY DIFFRACTION87
3.5056-3.5580.28911340.24432664X-RAY DIFFRACTION88
3.558-3.61350.30961240.23152770X-RAY DIFFRACTION89
3.6135-3.67280.24311380.22742805X-RAY DIFFRACTION91
3.6728-3.73610.28071380.21262785X-RAY DIFFRACTION92
3.7361-3.8040.24981500.19332817X-RAY DIFFRACTION91
3.804-3.87710.25731530.20132642X-RAY DIFFRACTION88
3.8771-3.95620.22511720.18692769X-RAY DIFFRACTION90
3.9562-4.04220.23231430.19812683X-RAY DIFFRACTION87
4.0422-4.13620.20041350.18622679X-RAY DIFFRACTION89
4.1362-4.23950.26451520.17972762X-RAY DIFFRACTION90
4.2395-4.35410.23981580.1812814X-RAY DIFFRACTION92
4.3541-4.48210.20551570.17042883X-RAY DIFFRACTION92
4.4821-4.62670.20161310.14972816X-RAY DIFFRACTION93
4.6267-4.79190.16861420.14422794X-RAY DIFFRACTION92
4.7919-4.98350.16631680.13782876X-RAY DIFFRACTION94
4.9835-5.21010.20381350.15852921X-RAY DIFFRACTION94
5.2101-5.48440.20831620.16452961X-RAY DIFFRACTION96
5.4844-5.82740.22271500.16672872X-RAY DIFFRACTION96
5.8274-6.27640.23261580.16933011X-RAY DIFFRACTION96
6.2764-6.90630.20121530.17522943X-RAY DIFFRACTION97
6.9063-7.90160.19481750.16092990X-RAY DIFFRACTION98
7.9016-9.940.14231730.14562990X-RAY DIFFRACTION99
9.94-47.27960.18881690.20743028X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る