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- PDB-3hrx: Crystal structure of phenylacetic acid degradation protein PaaG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hrx
タイトルCrystal structure of phenylacetic acid degradation protein PaaG
要素Probable enoyl-CoA hydratase
キーワードLYASE / the spiral fold / the crotonase superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable enoyl-CoA hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kichise, T. / Hisano, T. / Takeda, K. / Miki, K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of phenylacetic acid degradation protein PaaG from Thermus thermophilus HB8
著者: Kichise, T. / Hisano, T. / Takeda, K. / Miki, K.
履歴
登録2009年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2009年6月23日ID: 3GOW
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable enoyl-CoA hydratase
B: Probable enoyl-CoA hydratase
C: Probable enoyl-CoA hydratase
D: Probable enoyl-CoA hydratase
E: Probable enoyl-CoA hydratase
F: Probable enoyl-CoA hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,3776
ポリマ－165,3776
非ポリマー00
水23,1491285
1
A: Probable enoyl-CoA hydratase
B: Probable enoyl-CoA hydratase
C: Probable enoyl-CoA hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6893
ポリマ－82,6893
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11100 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area27470 Å2
手法PISA
2
D: Probable enoyl-CoA hydratase
E: Probable enoyl-CoA hydratase
F: Probable enoyl-CoA hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6893
ポリマ－82,6893
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10860 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area27070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.488, 139.368, 156.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Probable enoyl-CoA hydratase / Phenylacetic acid degradation protein PaaG


分子量: 27562.836 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHA0290 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SLK3, enoyl-CoA hydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir solution containing 20% (v/v) PEG MME2000, 0.05M KH2PO4, 5% (v/v) non-detergent sulfobetain (NDSB) 201, and 20% (v/v) glycerol were mixed with protein solution in a 1:1, and ...詳細: Reservoir solution containing 20% (v/v) PEG MME2000, 0.05M KH2PO4, 5% (v/v) non-detergent sulfobetain (NDSB) 201, and 20% (v/v) glycerol were mixed with protein solution in a 1:1, and equilibrated against the reservoir solution. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月26日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→42.7 Å / Num. obs: 139053 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 32.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.85→42.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 2890774.36 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: An initial model was obtained from SeMet data. The Se sites for the SeMet data were identified by phasing the SeMet data with SAD phases calculated from osmium data.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 6578 4.7 %random
Rwork0.177 ---
obs-131061 94.2 %-
溶媒の処理Bsol: 66.668 Å2
原子変位パラメータBiso max: 82.35 Å2 / Biso mean: 26.471 Å2 / Biso min: 7.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.205 Å20 Å20 Å2
2--0.111 Å20 Å2
3---0.094 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11399 0 0 1285 12684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.5241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.1742
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.0872
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.8182.5
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 905 5 %
Rwork0.236 17218 -
obs-17218 78.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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