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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hr9 | |||||||||
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タイトル | The truncated Fibrobacter succinogenes 1,3-1,4-beta-D-glucanase F40I mutant | |||||||||
![]() | Beta-glucanase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / 1 / 3-1 / 4-beta-D-Glucanase / carbohydrate CH-Pi stacking interactions / Tris inhibition / Glycosidase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tsai, L.C. / Huang, H.C. / Hsiao, C.H. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The truncated Fibrobacter succinogenes 1,3-1,4-beta-D-glucanase mutant F40I 著者: Tsai, L.C. / Huang, H.C. / Je-Hsin, C. / Lie-Fen, S. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of truncated Fibrobacter succinogenes 1,3-1,4-beta-D-glucanase in complex with beta-1,3-1,4-cellotriose 著者: Tsai, L.C. / Shyur, L.F. / Cheng, Y.S. / Lee, S.H. #2: ![]() タイトル: Crystal structure of a natural circularly permuted jellyroll protein: 1,3-1,4-beta-D-glucanase from Fibrobacter succinogenes 著者: Tsai, L.C. / Shyur, L.F. / Lee, S.H. / Lin, S.S. / Yuan, H.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1zm1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26866.543 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-266 / 変異: F40I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: succinogenes / プラスミド: pET26b(+) / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-TRS / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8.5 詳細: 24% PEG5KMME, 0.5M calcium acetate, 0.35M Tris-HCl, pH8.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月17日 |
放射 | モノクロメーター: confocal mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→27.77 Å / Num. all: 32440 / Num. obs: 31160 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 62.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / Num. unique all: 3203 / Rsym value: 0.347 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ZM1 解像度: 1.7→27.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 224067.16 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.5513 Å2 / ksol: 0.453006 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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