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万見
- PDB-3hpd: Structure of hydroxyethylthiazole kinase protein from pyrococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hpd
タイトルStructure of hydroxyethylthiazole kinase protein from pyrococcus horikoshii OT3
要素Hydroxyethylthiazole kinase
キーワードTRANSFERASE / ALPHA-BETA / ATP BINDING / KINASE / ATP-binding / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / Thiamine biosynthesis / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxyethylthiazole kinase / hydroxyethylthiazole kinase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxyethylthiazole kinase / Hydroxyethylthiazole kinase family / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Hydroxyethylthiazole kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Jeyakanthan, J. / Thamotharan, S. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Tahirov, T.H. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Hydroxyethylthiazole Kinase Protein from Pyrococcus Horikoshii Ot3
著者: Jeyakanthan, J. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S.
履歴
登録2009年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2009年6月16日ID: 1V8A
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxyethylthiazole kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0852
ポリマ－28,9901
非ポリマー951
水3,747208
1
A: Hydroxyethylthiazole kinase
ヘテロ分子

A: Hydroxyethylthiazole kinase
ヘテロ分子

A: Hydroxyethylthiazole kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2566
ポリマ－86,9713
非ポリマー2853
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
Buried area6860 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area25910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.242, 112.242, 112.242
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

HOH

21A-392-

HOH

31A-395-

HOH

41A-412-

HOH

51A-434-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Hydroxyethylthiazole kinase / 4-methyl-5-beta-hydroxyethylthiazole kinase / Thz kinase / TH kinase


分子量: 28990.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: PET-11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODON PLUS(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O58877, hydroxyethylthiazole kinase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.48 %
結晶化温度: 295 K / 手法: microbatch method / pH: 9.3
詳細: 0.88M SODIUMCITRATE, 0.1M CHESS, pH 9.3, MICROBATCH METHOD, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年11月27日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si (1 1 1), GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→19.84 Å / Num. obs: 20162 / % possible obs: 99.8 % / Biso Wilson estimate: 11.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.067
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.324 / Num. unique all: 2004 / Rsym value: 0.292 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C3Q

1c3q


解像度: 1.85→19.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 853468.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 963 4.9 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.164 19747 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.8931 Å2 / ksol: 0.402666 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1946 0 5 208 2159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.432.5
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 165 5.3 %
Rwork0.181 2943 -
obs--93.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3po4.parampo4.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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