PDB-3hpb: Crystal structure of SNX5-PX domain in P212121 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hpb

タイトル

Crystal structure of SNX5-PX domain in P212121 space group

要素

Snx5 protein

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Sorting nexin / SNX5 / Phox / PhosphatidylInositol / PI(4 / 5)P2

機能・相同性

機能・相同性情報

epidermal growth factor catabolic process / pinocytosis / cytoplasmic side of early endosome membrane / tubular endosome / macropinocytic cup / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / retromer complex / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-4-phosphate binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Koharudin, L.M.I. / Furey, W. / Gronenborn, A.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Phox domain of sorting nexin 5 lacks ptdins(3)p specificity and preferentially binds to ptdins(4,5)P2
著者: Koharudin, L.M.I. / Furey, W. / Liu, H. / Liu, Y.-J. / Gronenborn, A.M.

履歴

登録	2009年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hpb.cif.gz	43.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hpb.ent.gz	33.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hpb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hpb_validation.pdf.gz	424.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hpb_full_validation.pdf.gz	425.1 KB	表示
XML形式データ	3hpb_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	3hpb_validation.cif.gz	12.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hpb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hpb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hpcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fg9-d 2xtr-1 2xtq-6 2xtq-7 3da4-1 2xtq-5 2xmx-2 3eux-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Snx5 protein

ヘテロ分子

18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.957, 75.874, 77.512
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Snx5 protein 分子量: 18649.512 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 20-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Snx5 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1H267
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE ORIGINAL CONSTRUCT CONTAINED RESIDUES 1-180. THE FINAL CRYSTALLIZED PROTEIN CONSTRUCT SPANS ...THE ORIGINAL CONSTRUCT CONTAINED RESIDUES 1-180. THE FINAL CRYSTALLIZED PROTEIN CONSTRUCT SPANS FROM RESIDUES 20 TO 180 DUE TO NON-SPECIFIC CLEAVAGE BY THROMBIN PROTEASE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.25 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 8 詳細: the protein solution in the final superdex-75 buffer (20 mM Tris.HCl, 100 mM NaCl, 0.02% NaN3, pH 8.0) was concentrated to 8 mg/ml. The Se-Met derivative and the 2.19 A crystals were obtained ...詳細: the protein solution in the final superdex-75 buffer (20 mM Tris.HCl, 100 mM NaCl, 0.02% NaN3, pH 8.0) was concentrated to 8 mg/ml. The Se-Met derivative and the 2.19 A crystals were obtained using an optimized initial crystallization condition of 8 ul of protein vs 1 ul of reservoir solution (0.2M (NH4)2SO4, 0.1M Sodium cacodylate tryhydrate pH 6.5, 30% PEG 8000) at 4C by sitting drop vapor diffusion, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.25 %

結晶化

温度: 277 K / pH: 8
詳細: the protein solution in the final superdex-75 buffer (20 mM Tris.HCl, 100 mM NaCl, 0.02% NaN3, pH 8.0) was concentrated to 8 mg/ml. The Se-Met derivative and the 2.19 A crystals were obtained ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT	1	1.5418
シンクロトロン	APS	22-ID		2		0.9793,0.9795,0.9718

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
RIGAKU SATURN 944	1	CCD	2006年10月17日	MIRRORS
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2008年11月18日	ROSENBAUM-ROCK MONOCHROMATOR HIGH-RESOLUTION DOUBLE-CRYSTAL SI(220) SAGITTAL FO CUSING, ROSENBAUM- ROCK VERTICAL FOCUSING MIRROR

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	OSMIC MIRRORS	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SI 220. ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	0.9793	1
3	0.9795	1
4	0.9718	1

反射

解像度: 2.19→28.78 Å / Num. obs: 12680 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.18 % / R_merge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 28.1

反射シェル

解像度: 2.19→2.27 Å / 冗長度: 2.05 % / R_merge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 62.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
SnB		位相決定
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0044	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.19→28.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 6.449 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.284	1244	9.8 %	RANDOM
R_work	0.236	-	-	-
obs	0.24	11436	93.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.15 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.19→28.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1274	0	1	135	1410

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.284	1.966	1783
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.259	5	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.298	25.313	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.213	15	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.943	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.682	1.5	799
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.324	2	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.156	3	510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.663	4.5	468
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.19→2.25 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.47	68	-
R_work	0.322	497	-
obs	-	-	57.01 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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