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万見
- PDB-3hp5: Crystal Structure of Human p38alpha complexed with a pyrimidopyri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hp5
タイトルCrystal Structure of Human p38alpha complexed with a pyrimidopyridazinone compound
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / two lobes / three ligands / three binding sites / distal and extra sites. peptide flip / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / CD163 mediating an anti-inflammatory response / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / positive regulation of myoblast fusion / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA ...stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / CD163 mediating an anti-inflammatory response / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / positive regulation of myoblast fusion / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation / cellular response to UV-B / positive regulation of muscle cell differentiation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / Platelet sensitization by LDL / Myogenesis / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Activation of the AP-1 family of transcription factors / D-glucose import / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / fatty acid oxidation / MAP kinase kinase activity / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / response to dietary excess / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / signal transduction in response to DNA damage / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / skeletal muscle tissue development / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of interleukin-12 production / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of D-glucose import / cellular response to ionizing radiation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / stem cell differentiation / response to insulin / placenta development / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / NOD1/2 Signaling Pathway / cell morphogenesis / bone development / cellular response to virus / platelet activation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of protein import into nucleus / glucose metabolic process / spindle pole / chemotaxis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / osteoblast differentiation / cellular senescence / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / cellular response to tumor necrosis factor / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to lipopolysaccharide / protein phosphatase binding / secretory granule lumen / Oxidative Stress Induced Senescence / angiogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-52P / Chem-I46 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shieh, H.-S. / Williams, J.M. / Stegeman, R.A. / Kurumbail, R.G.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Discovery of N-substituted pyridinones as potent and selective inhibitors of p38 kinase.
著者: Selness, S.R. / Devraj, R.V. / Monahan, J.B. / Boehm, T.L. / Walker, J.K. / Devadas, B. / Durley, R.C. / Kurumbail, R. / Shieh, H. / Xing, L. / Hepperle, M. / Rucker, P.V. / Jerome, K.D. / ...著者: Selness, S.R. / Devraj, R.V. / Monahan, J.B. / Boehm, T.L. / Walker, J.K. / Devadas, B. / Durley, R.C. / Kurumbail, R. / Shieh, H. / Xing, L. / Hepperle, M. / Rucker, P.V. / Jerome, K.D. / Benson, A.G. / Marrufo, L.D. / Madsen, H.M. / Hitchcock, J. / Owen, T.J. / Christie, L. / Promo, M.A. / Hickory, B.S. / Alvira, E. / Naing, W. / Blevis-Bal, R.
履歴
登録2009年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2944
ポリマ－41,3431
非ポリマー9513
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.045, 74.022, 76.697
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Cytokine suppressive anti- ...Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID-binding protein / CSBP / MAX-interacting protein 2 / MAP kinase MXI2 / SAPK2A


分子量: 41343.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MAPK14, MXI2, THP-1 / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-52P / 5-(2,6-dichlorophenyl)-2-[(2,4-difluorophenyl)sulfanyl]-6H-pyrimido[1,6-b]pyridazin-6-one / VX-745


分子量: 436.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H9Cl2F2N3OS
#3: 化合物 ChemComp-I46 / 2-fluoro-4-[4-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazol-3-yl]pyridine


分子量: 257.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H9F2N3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 20-30% PEG3000, 10 mM CaCl2, 50 mM CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月15日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 15856 / Num. obs: 15856 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): -1.5 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 48.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 21.35
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1066 / Rsym value: 0.449 / % possible all: 63.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.3→37.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 15.19 / SU ML: 0.207 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: restrained individual / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.472 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26185 780 4.9 %RANDOM
Rwork0.21431 ---
all0.21666 ---
obs0.21666 15033 92.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.879 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.55 Å20 Å20 Å2
2---1.47 Å20 Å2
3---3.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2665 0 66 166 2897
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222801
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2791.9923806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88534514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8845327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.67424.062128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.39315477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4551517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02543
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2632
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.21954
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.21368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21405
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1340.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2230.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6331.52160
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0781.5656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71522683
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.05531367
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5384.51123
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 47 -
Rwork0.28 722 -
obs--62.52 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.7234 Å / Origin y: 34.0053 Å / Origin z: 15.3315 Å
111213212223313233
T-0.086 Å20.0218 Å2-0.018 Å2--0.1594 Å2-0.0414 Å2---0.1384 Å2
L3.2201 °20.0958 °20.0016 °2-1.4392 °20.3285 °2--0.6335 °2
S0.046 Å °-0.3077 Å °0.0695 Å °0.1173 Å °-0.0024 Å °-0.0735 Å °-0.0126 Å °0.0362 Å °-0.0436 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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