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万見
- PDB-3hoe: Crystal Structure of Surface Lipoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hoe
タイトルCrystal Structure of Surface Lipoprotein
要素TbpB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Iron acquisition / ion transport / receptor / transferrin / vaccine
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell surface
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #250 / Transferrin-binding protein B, C-lobe handle domain / TbpB, C-lobe handle domain superfamily / C-lobe handle domain of Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, N-lobe handle / TbpB, N-lobe handle domain superfamily / N-Lobe handle Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, C-lobe/N-lobe beta barrel domain / C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B / Porin - #90 ...Lipocalin - #250 / Transferrin-binding protein B, C-lobe handle domain / TbpB, C-lobe handle domain superfamily / C-lobe handle domain of Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, N-lobe handle / TbpB, N-lobe handle domain superfamily / N-Lobe handle Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, C-lobe/N-lobe beta barrel domain / C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B / Porin - #90 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transferrin-binding protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Actinobacillus pleuropneumoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.303 Å
データ登録者Moraes, T.F. / Yu, R.H. / Schryvers, A.B. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Insights into the bacterial transferrin receptor: the structure of transferrin-binding protein B from Actinobacillus pleuropneumoniae.
著者: Moraes, T.F. / Yu, R.H. / Strynadka, N.C. / Schryvers, A.B.
履歴
登録2009年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TbpB
B: TbpB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2042
ポリマ－56,2042
非ポリマー00
水2,486138
1
A: TbpB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1021
ポリマ－28,1021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TbpB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1021
ポリマ－28,1021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.473, 43.431, 100.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TbpB / Transferrin binding protein 2


分子量: 28101.988 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 56-308 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinobacillus pleuropneumoniae (バクテリア)
遺伝子: tbpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q44124
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG3350, 0.1M Tris pH 8.0, 150 mM NaCl , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98057, 0.98088, 0.97007
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月13日
詳細: a double crystal monochromator (DCM) with an indirectly cryo-cooled first DCM w ith cryo-cooled 1st crystal sagittally bent 2nd crystal followed by vertically f ocusing mirror.
放射モノクロメーター: a double crystal monochromator (DCM) with an indirectly cryo-cooled first DCM with cryo-cooled 1st crystal sagittally bent 2nd crystal followed by vertically focusing mirror.
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.980571
20.980881
30.970071
反射解像度: 2.303→35.31 Å / Num. obs: 42372 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 29.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MacromolecularCrystallography Data Collection (MXDC) GUIデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.303→35.308 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2612 2185 5.16 %RANDOM
Rwork0.1944 ---
all0.1979 42372 --
obs0.1979 42372 90.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.634 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 96.66 Å2 / Biso mean: 45.479 Å2 / Biso min: 22.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.798 Å20 Å2-3.968 Å2
2--12.128 Å20 Å2
3----15.926 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.303→35.308 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3775 0 0 138 3913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083858
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1085204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.781380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073541
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004684
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.303-2.35340.2655830.23631271X-RAY DIFFRACTION46.64
2.3534-2.40820.30631020.24271722X-RAY DIFFRACTION60.78
2.4082-2.46840.33111170.24321990X-RAY DIFFRACTION73.26
2.4684-2.53510.341280.25392359X-RAY DIFFRACTION84.19
2.5351-2.60970.29841240.25952562X-RAY DIFFRACTION91.83
2.6097-2.69390.34421360.26372688X-RAY DIFFRACTION95.7
2.6939-2.79010.34391130.25172745X-RAY DIFFRACTION98.69
2.7901-2.90180.33741710.22942761X-RAY DIFFRACTION98.95
2.9018-3.03380.32841680.23462700X-RAY DIFFRACTION98.73
3.0338-3.19360.27951320.20532714X-RAY DIFFRACTION98.17
3.1936-3.39360.22251170.20712848X-RAY DIFFRACTION99.33
3.3936-3.65530.25721470.1872773X-RAY DIFFRACTION99.76
3.6553-4.02270.25791950.16742734X-RAY DIFFRACTION99.9
4.0227-4.60370.16491680.14192743X-RAY DIFFRACTION99.66
4.6037-5.7960.21031430.13662783X-RAY DIFFRACTION99.86
5.796-35.31230.19341410.15042794X-RAY DIFFRACTION99.42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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