PDB-3hnj: Crystal structure of the Zn-induced tetramer of the engineered cy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hnj

タイトル

Crystal structure of the Zn-induced tetramer of the engineered cyt cb562 variant RIDC-2

要素

Soluble cytochrome b562

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Electron transport

機能・相同性

機能・相同性情報

electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Salgado, E.N. / Lewis, R.A. / Brodin, J. / Tezcan, F.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Metal templated design of protein interfaces.
著者: Salgado, E.N. / Ambroggio, X.I. / Brodin, J.D. / Lewis, R.A. / Kuhlman, B. / Tezcan, F.A.

履歴

登録	2009年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hnj.cif.gz	106.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hnj.ent.gz	82 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hnj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hnj_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hnj_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	3hnj_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	3hnj_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/3hnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/3hnj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hniC 3hnkC 3hnlC 2qlaS 2bc5 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hni-2 5xzj-d 6ai5-d 4u9d-d 3qvz-d 3qvy-d 2qla-d 6dhy-d 3qw1-d 4al0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (4) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (4)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (4)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (4)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (4)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (4)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Soluble cytochrome b562

B: Soluble cytochrome b562

C: Soluble cytochrome b562

D: Soluble cytochrome b562

ヘテロ分子

49.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.448, 65.316, 70.773
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 1 - 106 / Label seq-ID: 1 - 106

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

#1: タンパク質	Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562 分子量: 11667.192 Da / 分子数: 4 変異: R34A, L38A, Q41W, K42S, D66W, I67L, V69I, Q71A, A89K, Q93L, T96A, T97I 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM BIS-TRIS, 25% PEG 3350, 3.4 mM zinc chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.976 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月4日

放射

モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→30.7 Å / Num. all: 28830 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.044 / R_sym value: 0.044 / Net I/σ(I): 11.022

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2-2.11	2.5	0.176	2.7	0.176	1	92.4
2.11-2.24	2.6	0.117	5.3	0.117	1	94.6
2.24-2.39	2.6	0.107	3.6	0.107	1	94.4
2.39-2.58	2.6	0.061	10.6	0.061	1	94.4
2.58-2.83	2.6	0.052	12	0.052	1	94.1
2.83-3.16	2.6	0.037	17	0.037	1	94.2
3.16-3.65	2.6	0.033	16.2	0.033	1	92.1
3.65-4.47	2.5	0.031	18.5	0.031	1	90.2
4.47-6.32	2.6	0.031	20.1	0.031	1	89.6
6.32-68.36	2.5	0.036	18.5	0.036	1	69.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.5	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QLA

2qla

解像度: 2→30.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.126 / SU ML: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27159	1930	7.2 %	RANDOM
R_work	0.22445	-	-	-
obs	0.22788	24925	92.56 %	-
all	-	28830	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.016 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0.03 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3268	0	180	213	3661

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3592
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.185	2.094	4903
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.514	5	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	45.374	26.273	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.618	15	600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.816	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	498
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2740
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.279	0.2	2403
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.091	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.256	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.167	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.371	1.5	2199
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.692	2	3371
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.142	3	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.718	4.5	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	424	tight positional	0.04	0.05
2	B	424	tight positional	0.04	0.05
3	C	424	tight positional	0.04	0.05
4	D	424	tight positional	0.04	0.05
1	A	396	loose positional	0.57	5
2	B	396	loose positional	0.58	5
3	C	396	loose positional	0.68	5
4	D	396	loose positional	0.6	5
1	A	424	tight thermal	0.08	0.5
2	B	424	tight thermal	0.08	0.5
3	C	424	tight thermal	0.08	0.5
4	D	424	tight thermal	0.07	0.5
1	A	396	loose thermal	1.18	10
2	B	396	loose thermal	1.18	10
3	C	396	loose thermal	1.15	10
4	D	396	loose thermal	1.06	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	143	-
R_work	0.271	1836	-
obs	-	-	92.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7742	0.1834	-1.3667	4.093	-0.184	2.0281	-0.0261	-0.073	0.0288	-0.3949	-0.0762	0.3243	-0.1985	0.0334	0.1023	-0.1289	0.0266	-0.0301	-0.0699	-0.0145	-0.1129	6.486	-0.442	16.259
2	0.6454	0.5832	-1.0234	4.4202	-1.3278	4.1732	0.1452	-0.0233	0.1319	0.5215	-0.2504	-0.2935	-0.0489	0.0935	0.1052	-0.1268	0.0004	-0.0004	0.0214	0.0234	-0.1172	15.753	-16.683	30.011
3	2.9801	-0.5084	-0.9167	9.5802	0.723	2.512	0.1011	-0.0838	-0.0771	-0.302	-0.2236	0.5682	0.5413	0.064	0.1225	-0.0772	0.0104	0.0033	-0.0635	0.0001	-0.1379	6.606	-30.331	18.711
4	3.5413	-0.911	1.9467	2.5265	-0.6091	1.8378	0.0804	-0.1163	-0.1096	-0.9534	-0.144	0.3147	0.0392	0.0855	0.0636	0.1563	0.0663	-0.0804	-0.0559	-0.0215	-0.0806	4.026	-14.366	2.162

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 106
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 106

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)