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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hnh | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of PqqC Active Site Mutant Y175S,R179S in complex with a reaction intermediate | ||||||
![]() | Pyrroloquinoline-quinone synthase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PqqC / PQQ biosynthesis / oxidase / complex / all helical | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyrroloquinoline-quinone synthase / pyrroloquinoline-quinone synthase activity / pyrroloquinoline quinone biosynthetic process / : / sulfur compound metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Puehringer, S. / Schwarzenbacher, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural studies of mutant forms of the PQQ-forming enzyme PqqC in the presence of product and substrate 著者: Puehringer, S. / RoseFigura, J. / Metlitzky, M. / Toyama, H. / Klinman, J.P. / Schwarzenbacher, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 799.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 804.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29856.707 Da / 分子数: 1 / 変異: Y175S, R179S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MGH 78578 / 遺伝子: PqqC / プラスミド: pET28 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-AHQ / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | THE LIGAND LABELED AS AHQ IN THIS ENTRY IS UNDER TRANSITION. IT IS UNIDENTIFIED REACTION ...THE LIGAND LABELED AS AHQ IN THIS ENTRY IS UNDER TRANSITION |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Sodium chloride, 0.1M Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月7日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→49.629 Å / Num. obs: 26201 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 118953 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OTV 解像度: 1.8→49.629 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.25 / WRfactor Rwork: 0.22 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.869 / SU B: 5.428 / SU ML: 0.084 / SU R Cruickshank DPI: 0.123 / SU Rfree: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; unidentified density next to C5 of AHQ, ARG80 and NE2 of HIS84.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.12 Å2 / Biso mean: 44.854 Å2 / Biso min: 25.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.629 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -3.114 Å / Origin y: -40.206 Å / Origin z: -13.145 Å / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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