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万見
- PDB-3hmk: Crystal Structure of Serine Racemase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hmk
タイトルCrystal Structure of Serine Racemase
要素Serine racemase
キーワードISOMERASE / Serine Racemase / D-serine / pyridoxal phosphate / PLP / NMDA glutamate receptor / schizophrenia
機能・相同性
機能・相同性情報


Serine metabolism / serine family amino acid metabolic process / D-serine biosynthetic process / serine racemase / threonine racemase activity / serine racemase activity / D-serine ammonia-lyase / L-serine ammonia-lyase / D-serine ammonia-lyase activity / L-serine ammonia-lyase activity ...Serine metabolism / serine family amino acid metabolic process / D-serine biosynthetic process / serine racemase / threonine racemase activity / serine racemase activity / D-serine ammonia-lyase / L-serine ammonia-lyase / D-serine ammonia-lyase activity / L-serine ammonia-lyase activity / D-serine metabolic process / pyruvate biosynthetic process / L-serine metabolic process / glycine binding / : / PDZ domain binding / pyridoxal phosphate binding / apical part of cell / response to lipopolysaccharide / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / calcium ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Serine racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Smith, M.A. / Barker, J. / Mack, V. / Ebneth, A. / Felicetti, B. / Woods, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: The structure of mammalian serine racemase: evidence for conformational changes upon inhibitor binding.
著者: Smith, M.A. / Mack, V. / Ebneth, A. / Moraes, I. / Felicetti, B. / Wood, M. / Schonfeld, D. / Mather, O. / Cesura, A. / Barker, J.
履歴
登録2009年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine racemase
B: Serine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7646
ポリマ－73,1592
非ポリマー6044
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area27190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.261, 102.960, 120.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine racemase


分子量: 36579.703 Da / 分子数: 2 / 変異: C2D, C6D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Srr / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: Q76EQ0, serine racemase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月17日
放射モノクロメーター: Double Crystal Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.1 Å / Num. all: 34466 / Num. obs: 32657 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.17 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.95 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1837 / Rsym value: 0.195 / % possible all: 74.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FKP

1fkp


解像度: 2.1→41.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 6.637 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.336 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28949 1795 5.2 %RANDOM
Rwork0.24136 ---
obs0.24389 32657 95.77 %-
all-34466 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.478 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.314 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4844 0 32 202 5078
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9931.986775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2425641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.29725.926189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.35415827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1521514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2813
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213670
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4021.53205
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.73925204
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.77131766
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.344.51571
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 99 -
Rwork0.288 1786 -
obs--73.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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