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- PDB-3hly: Crystal Structure of the Flavodoxin-like domain from Synechococcu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hly
タイトルCrystal Structure of the Flavodoxin-like domain from Synechococcus sp Q5MZP6_SYNP6 protein. Northeast Structural Genomics Consortium Target SnR135d.
要素Flavodoxin-like domain
キーワードFLAVOPROTEIN / Q5MZP6_SYNP6 / flavodoxin-like domain / dfa1 / SnR135d / NESG / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-NH group of donors, NAD or NADP as acceptor / FMN binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / ODP domain / ODP family beta lactamase / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / FMN-binding split barrel / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily ...: / ODP domain / ODP family beta lactamase / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / FMN-binding split barrel / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Flavoprotein / Flavoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus PCC 6301 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.403 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Su, M. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Flavodoxin-like domain from Synechococcus sp. Q5MZP6_SYNP6 protein.
著者: Vorobiev, S. / Su, M. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.name
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavodoxin-like domain
B: Flavodoxin-like domain
C: Flavodoxin-like domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8174
ポリマ－52,7773
非ポリマー401
水1,874104
1
A: Flavodoxin-like domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5921
ポリマ－17,5921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Flavodoxin-like domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6322
ポリマ－17,5921
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Flavodoxin-like domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5921
ポリマ－17,5921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.270, 97.899, 118.076
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細Monomer according to gel filtration

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要素

#1: タンパク質 Flavodoxin-like domain


分子量: 17592.211 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 262-414 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 6301 (バクテリア)
株: ATCC 27144/PCC 6301/SAUG 1402/1 / 遺伝子: dfa1, syc2284_c / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) + Magic / 参照: UniProt: Q5MZP6, UniProt: A0A0H3K5M0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 6
詳細: 20% PEG 8000, 0.1M Ca acetate, 0.1M MES, pH 6.0, Microbatch under paraffin oil , temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9786, 0.97917, 0.91837
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月29日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97861
20.979171
30.918371
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 33270 / Num. obs: 32571 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 39.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.168 / Mean I/σ(I) obs: 11.5 / Num. unique all: 3339 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SHELXDE位相決定
RESOLVEモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.403→32.937 Å / SU ML: 0.97 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2499 1647 5.06 %RANDOM
Rwork0.2246 ---
obs0.2259 32535 97.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.147 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.403→32.937 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3179 0 1 104 3284
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.329
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.515
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4028-2.47350.2411530.25762596X-RAY DIFFRACTION98
2.4735-2.55330.25011440.23182609X-RAY DIFFRACTION100
2.5533-2.64450.28221490.23462618X-RAY DIFFRACTION100
2.6445-2.75030.33541530.2622597X-RAY DIFFRACTION100
2.7503-2.87540.32161390.26712645X-RAY DIFFRACTION100
2.8754-3.02690.32011200.25912651X-RAY DIFFRACTION100
3.0269-3.21640.30751230.25892640X-RAY DIFFRACTION100
3.2164-3.46450.23391540.21982641X-RAY DIFFRACTION100
3.4645-3.81270.25091300.21062311X-RAY DIFFRACTION87
3.8127-4.36340.19181390.19572593X-RAY DIFFRACTION100
4.3634-5.49320.18051170.17552649X-RAY DIFFRACTION99
5.4932-32.94030.21121260.21692338X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35991.0869-0.92052.086-0.15384.47380.08160.1567-0.00830.05380.1538-0.15840.3962-0.1254-00.11650.0117-0.02110.1278-0.00560.151948.899447.391147.382
20.7585-0.24681.00341.62-0.2363.7673-0.19670.5077-0.10750.3204-0.0715-0.0964-0.4085-0.096800.12030.00450.01350.18580.08340.18415.170551.803847.5658
30.815-0.5914-0.14481.61780.79572.810.5144-0.04890.0144-0.3973-0.0805-0.0953-0.78930.0685-00.4736-0.04410.21360.1329-0.03130.170154.629969.751435.7112
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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