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- PDB-3hko: Crystal structure of a cdpk kinase domain from cryptosporidium Pa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hko
タイトルCrystal structure of a cdpk kinase domain from cryptosporidium Parvum, cgd7_40
要素Calcium/calmodulin-dependent protein kinase with a kinase domain and 2 calmodulin-like EF hands
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / protist parasite / cryptosporidium parvum / cdpk / zinc finger / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase activity / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase with a kinase domain and 2 calmodulin-like EF hands
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Wasney, G. / Vedadi, M. / MacKenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. ...Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Wasney, G. / Vedadi, M. / MacKenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Botchkarev, A. / Hui, R. / Artz, J.D. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a cdpk kinase domain from cryptosporidium Parvum, cgd7_40
著者: Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Wasney, G. / Vedadi, M. / MacKenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Botchkarev, A. / Hui, R. / Amani, M.
履歴
登録2009年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase with a kinase domain and 2 calmodulin-like EF hands
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2855
ポリマ－39,5971
非ポリマー6884
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.480, 63.045, 84.041
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase with a kinase domain and 2 calmodulin-like EF hands


分子量: 39597.469 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
遺伝子: cgd7_40 / プラスミド: pET15-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CZ29

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非ポリマー , 5種, 127分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes, 25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 10% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50.44 Å / Num. all: 27579 / Num. obs: 27359 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 24.449 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.067 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 20.543
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / Num. unique all: 2491 / Rsym value: 0.512 / Χ2: 0.819 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MacCHESSデータ収集
PHASER位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3dfa, modified by ffas03

3dfa


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.241 / WRfactor Rwork: 0.198 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.831 / SU B: 3.217 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.161 / SU Rfree: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1376 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.204 27623 --
obs0.204 27292 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.85 Å2 / Biso mean: 26.951 Å2 / Biso min: 12.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2--1.39 Å20 Å2
3----1.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2519 0 39 123 2681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2041.9973711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4315343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.86323.802121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.67615486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4791518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212016
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6351.51628
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23822631
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.81931097
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.094.51066
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.844 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 96 -
Rwork0.276 1657 -
all-1753 -
obs--87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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