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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hjk | ||||||
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タイトル | 2.0 Angstrom Structure of the Ile74Val Variant of Vivid (VVD). | ||||||
要素 | Vivid PAS protein VVD | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Photoreceptor / Circadian Clock / FAD / LOV / PAS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Neurospora crassa (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Zoltowski, B.D. / Vaccaro, B.J. / Crane, B.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2009 タイトル: Mechanism-based tuning of a LOV domain photoreceptor. 著者: Zoltowski, B.D. / Vaccaro, B. / Crane, B.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hjk.cif.gz | 81.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hjk.ent.gz | 60.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hjk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3hjk_validation.pdf.gz | 1001.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3hjk_full_validation.pdf.gz | 1011.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3hjk_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3hjk_validation.cif.gz | 26.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/3hjk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/3hjk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The protein in monomeric, however following photo-excitation the protein dimerizes. The biological dimer structure is currently unknown. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17498.977 Da / 分子数: 2 / 変異: I74V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: G17A4.050, Vivid, vvd / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9C3Y6 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Protein at 3.6 mg/ml dissolved in Buffer containing 5 mM DTT, 100 mM NaCl, 50 mM HEPES pH 8.0 and 10% glycerol is combined with an equal volume of 28% PEG 4k, 100 mM ammonium acetate, 100 mM ...詳細: Protein at 3.6 mg/ml dissolved in Buffer containing 5 mM DTT, 100 mM NaCl, 50 mM HEPES pH 8.0 and 10% glycerol is combined with an equal volume of 28% PEG 4k, 100 mM ammonium acetate, 100 mM trisodium citrate pH 5.6., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月1日 |
放射 | モノクロメーター: Double-bounce downward, offset 25.4 mm プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→35.66 Å / Num. all: 21712 / Num. obs: 21712 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 4.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 29 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 1903 / % possible all: 93.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2pd7 解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso max: 100.24 Å2 / Biso mean: 33.546 Å2 / Biso min: 10.37 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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