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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hiw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Saporin-L1 in complex with the cyclic tetranucleotide inhibitor, a transition state analogue | ||||||
![]() | Vacuolar saporin | ||||||
![]() | Hydrolase/Hydrolase inhibitor / transition state / ribosome inactivating proteins / RIPs / Hydrolase / Plant defense / Protein synthesis inhibitor / Toxin / Hydrolase-Hydrolase inhibitor COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ho, M. / Sturm, M.B. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Transition state analogues in structures of ricin and saporin ribosome-inactivating proteins. 著者: Ho, M.C. / Sturm, M.B. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 126.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 99.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28767.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.25 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20% PEG2000MME, 0.1M sodium acetate, 0.4M potassium thiocyanate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 44853 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Χ2: 1.031 / Net I/σ(I): 18.983 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.23 Å2 / Biso mean: 17.906 Å2 / Biso min: 7.02 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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