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- PDB-3hif: The crystal structure of apo wild type CAP at 3.6 A resolution. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hif
タイトルThe crystal structure of apo wild type CAP at 3.6 A resolution.
要素Catabolite gene activator
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / helix-turn-helix / cAMP binding domain / Activator / cAMP / cAMP-binding / DNA-binding / Nucleotide-binding / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / cAMP binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription ...carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / cAMP binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site ...: / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding transcriptional dual regulator CRP / cAMP-activated global transcriptional regulator CRP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AVERAGING / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Steitz, T.A. / Sharma, H. / Wang, J. / Kong, J. / Yu, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structure of apo-CAP reveals that large conformational changes are necessary for DNA binding.
著者: Sharma, H. / Yu, S. / Kong, J. / Wang, J. / Steitz, T.A.
履歴
登録2009年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catabolite gene activator
B: Catabolite gene activator
C: Catabolite gene activator
D: Catabolite gene activator
E: Catabolite gene activator
F: Catabolite gene activator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,0356
ポリマ－142,0356
非ポリマー00
水00
1
A: Catabolite gene activator
B: Catabolite gene activator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3452
ポリマ－47,3452
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area20900 Å2
手法PISA
2
C: Catabolite gene activator
D: Catabolite gene activator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3452
ポリマ－47,3452
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area21280 Å2
手法PISA
3
E: Catabolite gene activator
F: Catabolite gene activator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3452
ポリマ－47,3452
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.291, 125.291, 224.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
Catabolite gene activator / cAMP receptor protein / cAMP regulatory protein


分子量: 23672.439 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: crp, S4387, SF3376 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P0ACK1, UniProt: P0ACJ8*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: Protein was crystallized after it was concentrated to ~25 mg/ml and seeded with apo D138L mutant CAP., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月15日 / 詳細: SI 111
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→48.06 Å / Num. all: 23643 / Num. obs: 22948 / % possible obs: 98.93 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Rsym value: 0.525 / Net I/σ(I): 23.05
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.621

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
直接法モデル構築
REFMAC5.4.0077精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: AVERAGING
開始モデル: cAMP Binding Domain of CAP

解像度: 3.59→48.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 132.978 / SU ML: 0.837 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.75 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31823 1217 5 %RANDOM
Rwork0.29492 ---
obs0.29608 22948 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.723 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.56 Å21.78 Å20 Å2
2--3.56 Å20 Å2
3----5.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.59→48.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9456 0 0 0 9456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0229600
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8931.96812924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.13951182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.34624.429420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.369151854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4911560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0216966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1031.55904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.1929522
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.16433696
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.3014.53402
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.594→3.687 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 91 -
Rwork0.418 1573 -
obs--93.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.05243.6225-1.67578.1234-0.27667.9562-0.0259-0.0766-0.08930.0332-0.19210.91380.606-0.88230.21791.68730.75060.16830.566-0.0451.4279-28.0732.83244.944
23.13213.0503-1.4239.87410.91355.1871-0.0460.4693-0.0816-0.02150.00540.61090.1889-0.50980.04061.37510.8571-0.02430.9061-0.04421.326-14.981-3.523.962
39.3531-0.2831-1.3249.01063.960611.2802-0.1948-1.1381-0.29160.8219-0.4166-0.7470.93750.33220.61151.8960.4185-0.10641.13950.18610.7658-24.863-25.28547.829
47.9239-3.4038-0.15964.16145.251512.255-0.4655-0.2482-0.290.32690.33180.59990.9908-0.64570.13371.9136-0.03290.17621.1603-0.02870.6663-42.321-25.7430.424
54.9041-1.6039-1.2499.56053.3616.33160.4320.58630.2093-0.869-0.63280.0405-0.1865-0.07950.20091.83621.20750.09810.81390.21991.2222.212-30.37517.934
68.342.6792-0.2735.72940.68487.146-0.43761.1043-0.5378-0.54330.29320.65640.4798-0.74240.14451.84310.93070.02990.7868-0.19361.3435-3.155-31.07121.845
714.94923.4506-6.5465.7434-6.20687.3239-0.54880.6520.93730.33390.6074-0.3095-0.06150.8633-0.05861.32490.43620.04111.0528-0.38391.018711.609-44.321-9.792
89.86752.7466-3.5134.2456-3.92035.50550.7395-0.6836-0.45040.6911-0.80570.2261.51420.34340.06612.08510.54890.13161.5787-0.2641.1231.849-58.1358.281
92.98370.9453-1.356710.303-3.97675.04680.0304-0.1607-0.34640.3521-0.110.6515-0.1563-0.66970.07961.57720.83350.22340.8541-0.12161.4837-39.58630.33843.385
103.83070.52191.39225.2178-0.34299.07520.0896-0.503-0.50290.8042-0.13950.2080.5198-0.4280.04992.04390.73390.12210.74640.14551.108-33.28947.91460.797
112.5248-3.5848-2.36168.04496.41165.3746-0.9196-0.1132-0.5325-0.6075-0.2523.6703-0.2247-2.6531.17172.82940.0685-0.10152.19970.12892.5634-46.12518.74573.115
122.4513-2.6255-2.15194.99792.75121.9803-0.3485-0.18290.22320.29240.6294-0.6825-0.82980.928-0.2812.9675-0.17520.17612.0040.10341.385-22.39924.26671.722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 130
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 130
3X-RAY DIFFRACTION3A133 - 207
4X-RAY DIFFRACTION4B133 - 207
5X-RAY DIFFRACTION5C7 - 130
6X-RAY DIFFRACTION6D7 - 130
7X-RAY DIFFRACTION7C133 - 207
8X-RAY DIFFRACTION8D133 - 207
9X-RAY DIFFRACTION9E7 - 130
10X-RAY DIFFRACTION10F7 - 130
11X-RAY DIFFRACTION11E133 - 207
12X-RAY DIFFRACTION12F133 - 207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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