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- PDB-3hgj: Old Yellow Enzyme from Thermus scotoductus SA-01 complexed with p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hgj
タイトルOld Yellow Enzyme from Thermus scotoductus SA-01 complexed with p-hydroxy-benzaldehyde
要素Chromate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH dehydrogenase activity / FMN binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
NADPH dehydrogenase YqjM-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / P-HYDROXYBENZALDEHYDE / Chromate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus scotoductus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Opperman, D.J. / Sewell, B.T. / Litthauer, D. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A. / van Heerden, E.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of a thermostable old yellow enzyme from Thermus scotoductus SA-01
著者: Opperman, D.J. / Sewell, B.T. / Litthauer, D. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A. / van Heerden, E.
履歴
登録2009年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromate reductase
B: Chromate reductase
C: Chromate reductase
D: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,41712
ポリマ－152,1034
非ポリマー2,3148
水22,1581230
1
A: Chromate reductase
D: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2096
ポリマ－76,0522
非ポリマー1,1574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area24960 Å2
手法PISA
2
B: Chromate reductase
ヘテロ分子

B: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2096
ポリマ－76,0522
非ポリマー1,1574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area25040 Å2
手法PISA
3
C: Chromate reductase
ヘテロ分子

C: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2096
ポリマ－76,0522
非ポリマー1,1574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area24720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.703, 101.169, 101.336
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.320, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質
Chromate reductase


分子量: 38025.871 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus scotoductus (バクテリア)
株: SA-01 / 遺伝子: CrS / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0JDW3, NADPH dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-HBA / P-HYDROXYBENZALDEHYDE / 4-ヒドロキシベンズアルデヒド


分子量: 122.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.47 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 35% PEG400, 0.1M Tris-HCl, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9777 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9777 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33.729 Å / Num. all: 121277 / Num. obs: 121277 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.11 / Rrim(I) all: 0.212 / Rsym value: 0.181 / Net I/av σ(I): 3.038 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 419177
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.113.20.670.564155501173600.360.670.5641.597
2.11-2.243.20.4720.3981.853608165170.250.470.3982.298.3
2.24-2.393.30.3770.3182.352404156500.20.380.3183.298.8
2.39-2.583.50.2980.2532.851093146610.160.30.2534.899.4
2.58-2.833.60.2490.2133.249171135620.130.250.2136.999.7
2.83-3.163.70.2170.1873.645758123170.110.220.1879.599.9
3.16-3.653.70.180.1554.140039108710.090.180.15514.499.9
3.65-4.473.60.1530.1314.63278891880.080.150.13119.9100
4.47-6.323.50.1410.124.62530071780.070.140.1222.2100
6.32-67.273.40.1170.0994.71351539730.060.120.09925.599.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→33.729 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.526 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 6128 5.1 %RANDOM
Rwork0.199 115143 --
obs0.202 121271 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.44 Å2 / Biso mean: 21.853 Å2 / Biso min: 2.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20 Å20.59 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3----0.36 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.229 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.729 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10696 0 160 1230 12086
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02211183
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3732.00815239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.93551401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.71121.734467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.697151763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.32315129
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0228597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0521.56941
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.677211114
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.04634242
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5444.54118
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 437 -
Rwork0.316 8307 -
all-8744 -
obs--96.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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