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万見
- PDB-3hgf: Expression, purification, spectroscopical and crystallographical ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hgf
タイトルExpression, purification, spectroscopical and crystallographical studies of segments of the nucleotide binding domain of the reticulocyte binding protein Py235 of Plasmodium yoelii
要素Rhoptry protein fragment
キーワードNUCLEOTIDE BINDING PROTEIN / helix-turn-helix
機能・相同性Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #560 / Reticulocyte binding protein / Rh5 coiled-coil domain / Rh5 coiled-coil domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / membrane / Rhoptry protein
機能・相同性情報
生物種Plasmodium yoelii yoelii (ヨーエリマラリア原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 4 Å
データ登録者Gruber, A. / Manimekalai, M.S.S. / Balakrishna, A.M. / Hunke, C. / Jeyakanthan, J. / Preiser, P.R. / Gruber, G.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Structural determination of functional units of the nucleotide binding domain (NBD94) of the reticulocyte binding protein Py235 of Plasmodium yoelii
著者: Gruber, A. / Manimekalai, M.S.S. / Balakrishna, A.M. / Hunke, C. / Jeyakanthan, J. / Preiser, P.R. / Gruber, G.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: ATP/ADP binding to a novel nucleotide binding domain of the reticulocyte-binding protein Py235 of Plasmodium yoelii
著者: Ramalingam, J.K. / Hunke, C. / Gao, X. / Gruber, G. / Preiser, P.R.
履歴
登録2009年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhoptry protein fragment
B: Rhoptry protein fragment
C: Rhoptry protein fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6073
ポリマ－38,6073
非ポリマー00
水00
1
A: Rhoptry protein fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8691
ポリマ－12,8691
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Rhoptry protein fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8691
ポリマ－12,8691
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Rhoptry protein fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8691
ポリマ－12,8691
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.223, 70.223, 193.218
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Rhoptry protein fragment / Retyculocyte-binding protein homologue Py235


分子量: 12868.979 Da / 分子数: 3 / 断片: Nucleotide-binding domain, UNP residues 1168-1265 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium yoelii yoelii (ヨーエリマラリア原虫)
株: Plasmodium yoelii yoelii strain YM / 遺伝子: Plasmodium yoelii gene / プラスミド: pET9d1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7RPU0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7811 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.9413 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 35% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 0.97898 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97898 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→50 Å / Num. obs: 2825 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 15.4 % / Biso Wilson estimate: 81.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 13.712
反射 シェル解像度: 3.9→4.04 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 3.69 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 4→33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.88 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 131.155 / SU ML: 1.882 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY. 2. Assigned only the Back bone atoms for all the residues since the side chains are not visible in the electron density map.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.37324 127 4.9 %RANDOM
Rwork0.33906 ---
obs0.34864 2482 95.39 %-
all-2738 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1375 0 0 0 1375
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.021372
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8391.9431910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5365267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4.001→4.214 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 16 -
Rwork0.39 336 -
obs--93.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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