PDB-3hga: Crystal Structure of 4-Se-Uridine Derivatized RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hga

タイトル

Crystal Structure of 4-Se-Uridine Derivatized RNA

要素

5'-R(*UP*(US5)P*CP*GP*CP*G)-3'

キーワード

RNA / 4-Se-U RNA

機能・相同性

RNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Sheng, J. / Soares, A. / Huang, Z.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Oxygen Replacement with Selenium at the Uridine 4-Position for RNA Structure Study and Visualization
著者: Sheng, J. / Soares, A. / Huang, Z.

履歴

登録	2009年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年2月29日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.5	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hga.cif.gz	13.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hga.ent.gz	8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hga.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hga_validation.pdf.gz	382.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hga_full_validation.pdf.gz	382.5 KB	表示
XML形式データ	3hga_validation.xml.gz	2.9 KB	表示
CIF形式データ	3hga_validation.cif.gz	3.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/3hga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/3hga	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hg8 3hgd
類似構造データ	1f6e-3 310d-d 1g00-3 1f6c-1 1p24-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

X: 5'-R(*UP*(US5)P*CP*GP*CP*G)-3'

1.93 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

X: 5'-R(*UP*(US5)P*CP*GP*CP*G)-3'

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
3.86 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.255, 34.079, 28.931
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	X-42- HOH

#1: RNA鎖	5'-R(UP(US5)PCPGPCPG)-3' 分子量: 1931.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: the 4-Se-Uridine was chemically synthesized and incorporated into RNA by solid phase synthesis
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: MPD,sodium cacodylate,spermine tetra-HCl, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月23日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 3773 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 31.605
反射シェル	解像度: 1.3→1.5 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.185 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→14.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / SU B: 2.002 / SU ML: 0.04 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24301	164	4.4 %	RANDOM
R_work	0.19212	-	-	-
obs	0.19414	3581	95.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.919 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0.02 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→14.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	123	0	34	157

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.021	136
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.952	3	210
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.038	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	60
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.166	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.267	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.036	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.151	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.07	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.717	3	192
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.784	4.5	210
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.333 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	9	-
R_work	0.277	224	-
obs	-	-	82.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1362	-0.7371	-2.9852	12.7477	-0.2271	14.137	-0.0445	0.0405	-0.0333	0.1578	0.2601	0.3435	0.2685	-0.2906	-0.2156	-0.0147	-0.0062	0.0176	-0.0198	0.0233	-0.0059	-9.9264	4.3593	11.9976
2	1.2707	-1.7374	-0.0604	3.456	0.5166	2.2561	0.1262	0.1184	-0.1592	-0.272	0.0014	-0.1534	-0.1005	0.0889	-0.1276	-0.0085	-0.0006	0.0115	0.0013	-0.0204	0.001	-11.3109	-5.8807	4.9221

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	X	1 - 2
2	X-RAY DIFFRACTION	2	X	3 - 6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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