PDB-3hds: Crystal structure of 4-methylmuconolactone methylisomerase in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hds

タイトル

Crystal structure of 4-methylmuconolactone methylisomerase in complex with MES

要素

4-methylmuconolactone methylisomerase
short peptide ASWSA

キーワード

ISOMERASE / ferredoxin / ferredoxin-like fold / beta-barrel / 4-methylmuconolactone methylisomerase / biodegradation / ortho-cleavage

機能・相同性

4-Methylmuconolactone methyl-isomerase / Methylmuconolactone methyl-isomerase / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / isomerase activity / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / 4-methylmuconolactone methylisomerase

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas reinekei (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Marin, M. / Heinz, D.W. / Pieper, D.H. / Klink, B.U.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure and catalytic mechanism of 4-methylmuconolactone methylisomerase
著者: Marin, M. / Heinz, D.W. / Pieper, D.H. / Klink, B.U.

履歴

登録	2009年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年1月22日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hds.cif.gz	120.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hds.ent.gz	94.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hds.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hds_validation.pdf.gz	495.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hds_full_validation.pdf.gz	505.3 KB	表示
XML形式データ	3hds_validation.xml.gz	25.8 KB	表示
CIF形式データ	3hds_validation.cif.gz	36.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hds	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hf5C 3hfkC 2ifxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hf5-2 3hf5-1 4jp3-d 5hre-d 2peb-d 3lnt-3 5b0e-d 1tvd-d 5t3j-d 6tcs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-methylmuconolactone methylisomerase

B: 4-methylmuconolactone methylisomerase

C: 4-methylmuconolactone methylisomerase

D: 4-methylmuconolactone methylisomerase

E: short peptide ASWSA

F: short peptide ASWSA

ヘテロ分子

56.4 kDa, 6 ポリマー
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1

A: 4-methylmuconolactone methylisomerase

D: 4-methylmuconolactone methylisomerase

E: short peptide ASWSA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.2 kDa, 3 ポリマー
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2

B: 4-methylmuconolactone methylisomerase

C: 4-methylmuconolactone methylisomerase

F: short peptide ASWSA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.872, 84.160, 150.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	4-methylmuconolactone methylisomerase 分子量: 13643.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas reinekei (バクテリア) 株: MT1 / 遺伝子: mmlI / プラスミド: pASKIBAmmlI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: C5MR76, EC: 5.4.99.14
#2: タンパク質・ペプチド	short peptide ASWSA 分子量: 520.536 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 25% PEG 1500, 0.1M MMT, hanging drop, temperature 292K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8726 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 733384 / R_merge(I) obs: 0.084 / D res high: 1.45 Å / Num. obs: 91817 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
10	42.07	316	96.6	1	0.059
6	10	1091	99.9	1	0.059
4	6	3205	100	1	0.047
3	4	6095	100	1	0.05
2.7	3	3905	100	1	0.06
2.5	2.7	3716	100	1	0.067
2.4	2.5	2327	100	1	0.074
2.3	2.4	2788	100	1	0.078
2.2	2.3	3265	100	1	0.081
2.1	2.2	3914	100	1	0.086
2	2.1	4770	100	1	0.096
1.9	2	5799	100	1	0.121
1.8	1.9	7167	100	1	0.158
1.7	1.8	8920	100	1	0.227
1.6	1.7	11256	100	1	0.326
1.5	1.6	14475	100	1	0.459
1.45	1.5	8808	100	1	0.716

反射

解像度: 1.45→42.07 Å / Num. obs: 91817 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.99 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14.46

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.45-1.5	0.716	2.8	1	100
1.5-1.6	0.459	4.4	1	100
1.6-1.7	0.326	6.2	1	100
1.7-1.8	0.227	8.7	1	100
1.8-1.9	0.158	12	1	100
1.9-2	0.121	15.1	1	100
2-2.1	0.096	18.8	1	100
2.1-2.2	0.086	20.5	1	100
2.2-2.3	0.081	21.9	1	100
2.3-2.4	0.078	23	1	100
2.4-2.5	0.074	24.3	1	100
2.5-2.7	0.067	25.8	1	100
2.7-3	0.06	27.9	1	100
3-4	0.05	32.2	1	100
4-6	0.047	34.3	1	100
6-10	0.059	33.7	1	99.9
10-42.07	0.059	30.7	1	96.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0071	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
DNA		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IFX

2ifx

解像度: 1.45→42.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.156 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20912	4590	5 %	RANDOM
R_work	0.18482	-	-	-
obs	0.18602	87224	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.936 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→42.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3781	0	48	421	4250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4285
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.608	1.958	5832
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.802	5	525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.776	23.271	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.564	15	759
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.567	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	589
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	3324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.037	1.5	2477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.811	2	4046
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.551	3	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.113	4.5	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	336	-
R_work	0.237	6385	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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