PDB-3hdq: Crystal structure of UDP-galactopyranose mutase (oxidized form) i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hdq

タイトル

Crystal structure of UDP-galactopyranose mutase (oxidized form) in complex with substrate

要素

UDP-galactopyranose mutase

キーワード

ISOMERASE / UDP-galactopyranose mutase / Substrate and inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-galactopyranose mutase activity / flavin adenine dinucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Partha, S.K. / van Straaten, K.E. / Sanders, D.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of substrate binding to UDP-galactopyranose mutase: crystal structures in the reduced and oxidized state complexed with UDP-galactopyranose and UDP.
著者: Partha, S.K. / van Straaten, K.E. / Sanders, D.A.

履歴

登録	2009年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hdq.cif.gz	776.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hdq.ent.gz	643.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hdq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hdq_validation.pdf.gz	6.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hdq_full_validation.pdf.gz	6.5 MB	表示
XML形式データ	3hdq_validation.xml.gz	151.5 KB	表示
CIF形式データ	3hdq_validation.cif.gz	193.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hdq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hdyC 3he3C 1v0jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mj4-3 3he3-4 3hdy-2 3he3-5 3he3-3 3he3-2 3hdy-5 3hdy-4 3mj4-2 3mj4-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-galactopyranose mutase

B: UDP-galactopyranose mutase

C: UDP-galactopyranose mutase

D: UDP-galactopyranose mutase

E: UDP-galactopyranose mutase

F: UDP-galactopyranose mutase

G: UDP-galactopyranose mutase

H: UDP-galactopyranose mutase

I: UDP-galactopyranose mutase

J: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

471 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-galactopyranose mutase

I: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: UDP-galactopyranose mutase

H: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.2 kDa, 2 ポリマー
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3

C: UDP-galactopyranose mutase

F: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.2 kDa, 2 ポリマー
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4

D: UDP-galactopyranose mutase

J: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.2 kDa, 2 ポリマー
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5

E: UDP-galactopyranose mutase

G: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.2 kDa, 2 ポリマー
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6

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.020, 176.650, 220.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	UDP-galactopyranose mutase 分子量: 45741.824 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 株: R1 / 遺伝子: DR_A0367, DR_AO367 / プラスミド: pEHISTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner / 参照: UniProt: Q9RYF1, UDP-galactopyranose mutase
#2: 化合物	ChemComp-GDU / GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-D-GALACTOPYRANOSE / UDP-ガラクト-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.81 %
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 6.5, 0.2 M LiCl, 28% PEG 6000, Microbatch

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.36→19.88 Å / Num. all: 204925 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 13.07

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1V0J

1v0j

解像度: 2.36→19.88 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2263	10667	5 %
R_work	0.1768	-	-
obs	0.1793	213337	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.307 Å² / k_sol: 0.369 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.046 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.923 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.935 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.011 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.36→19.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29744	0	890	1241	31875

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	31558
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.152	43085
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.455	11611
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	4510
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	5526

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.36-2.3868	0.2866	351	0.222	6669	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3868-2.4148	0.2833	350	0.2221	6662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4148-2.4442	0.28	351	0.2193	6657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4442-2.4751	0.2802	352	0.217	6694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4751-2.5076	0.2538	352	0.2058	6678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5076-2.5419	0.2716	352	0.2023	6699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5419-2.5781	0.2916	353	0.2091	6710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5781-2.6165	0.301	352	0.2186	6691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6165-2.6573	0.2711	353	0.2069	6693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6573-2.7008	0.2759	353	0.2028	6716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7008-2.7472	0.2732	354	0.1994	6716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7472-2.7971	0.2587	355	0.2035	6749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7971-2.8507	0.2752	354	0.2145	6727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8507-2.9087	0.2621	353	0.1981	6717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9087-2.9718	0.2863	356	0.2085	6749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9718-3.0407	0.2676	354	0.2054	6727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0407-3.1164	0.2697	354	0.2124	6725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1164-3.2003	0.2791	354	0.2037	6729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2003-3.2941	0.2535	355	0.1934	6745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2941-3.3999	0.2279	356	0.181	6765	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3999-3.5208	0.2191	356	0.1685	6773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5208-3.6609	0.2238	355	0.1735	6742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6609-3.8264	0.2234	359	0.1678	6811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8264-4.0266	0.1962	357	0.1572	6782	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0266-4.2765	0.1853	357	0.1419	6797	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2765-4.6029	0.1503	358	0.1221	6802	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6029-5.0592	0.1648	359	0.1291	6825	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0592-5.7755	0.1914	362	0.1466	6866	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7755-7.2182	0.1888	364	0.1515	6923	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2182-19.8818	0.1612	376	0.1361	7131	X-RAY DIFFRACTION	100

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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