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万見
- PDB-3hdm: Crystal structure of serum and glucocorticoid-regulated kinase 1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hdm
タイトルCrystal structure of serum and glucocorticoid-regulated kinase 1 in complex with compound 1
要素Serine/threonine-protein kinase Sgk1
キーワードTRANSFERASE / AGC PROTEIN KINASE / APOPTOSIS / ATP-BINDING / ENDOPLASMIC RETICULUM / NUCLEOTIDE-BINDING / NUCLEUS / PHOSPHORYLATION / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / Kinase / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of gastric acid secretion / positive regulation of transporter activity / renal sodium ion absorption / Transcriptional Regulation by MECP2 / regulation of catalytic activity / cellular response to aldosterone / NGF-stimulated transcription / chloride channel regulator activity / regulation of DNA-binding transcription factor activity / sodium ion transport ...regulation of gastric acid secretion / positive regulation of transporter activity / renal sodium ion absorption / Transcriptional Regulation by MECP2 / regulation of catalytic activity / cellular response to aldosterone / NGF-stimulated transcription / chloride channel regulator activity / regulation of DNA-binding transcription factor activity / sodium ion transport / sodium channel regulator activity / long-term memory / potassium channel regulator activity / calcium channel regulator activity / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / regulation of cell migration / neuron projection morphogenesis / regulation of signal transduction by p53 class mediator / regulation of cell growth / regulation of blood pressure / Stimuli-sensing channels / Regulation of TP53 Degradation / PIP3 activates AKT signaling / regulation of cell population proliferation / regulation of apoptotic process / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MMG / Serine/threonine-protein kinase Sgk1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhao, B. / Hammond, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Design and synthesis of orally bioavailable serum and glucocorticoid-regulated kinase 1 (SGK1) inhibitors.
著者: Hammond, M. / Washburn, D.G. / Hoang, H.T. / Manns, S. / Frazee, J.S. / Nakamura, H. / Patterson, J.R. / Trizna, W. / Wu, C. / Azzarano, L.M. / Nagilla, R. / Nord, M. / Trejo, R. / Head, M.S. ...著者: Hammond, M. / Washburn, D.G. / Hoang, H.T. / Manns, S. / Frazee, J.S. / Nakamura, H. / Patterson, J.R. / Trizna, W. / Wu, C. / Azzarano, L.M. / Nagilla, R. / Nord, M. / Trejo, R. / Head, M.S. / Zhao, B. / Smallwood, A.M. / Hightower, K. / Laping, N.J. / Schnackenberg, C.G. / Thompson, S.K.
履歴
登録2009年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase Sgk1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6182
ポリマ－42,3031
非ポリマー3141
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.978, 96.978, 150.769
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase Sgk1 / Serum/glucocorticoid-regulated kinase 1


分子量: 42303.320 Da / 分子数: 1 / 変異: S74A, S78A, S397A, S401A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SGK, SGK1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: O00141, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MMG / 4-(5-phenyl-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)benzoic acid


分子量: 314.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H14N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 12090 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 24.198 / SU ML: 0.233 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.856 / ESU R Free: 0.349 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26194 652 5.9 %RANDOM
Rwork0.21749 ---
obs0.22009 10407 82.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.464 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.36 Å20.68 Å20 Å2
2--1.36 Å20 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2271 0 24 8 2303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222361
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.021.973209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3865283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.83823.832107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67615378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5031510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021855
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.2935
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21579
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.263
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2570.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3261.51467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.58422288
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.59731021
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9124.5921
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 38 -
Rwork0.323 620 -
obs--68.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.35131.5092-0.97757.1848-1.35535.97980.08650.71970.5366-1.23820.1279-0.1401-0.61050.3002-0.21450.4628-0.23030.04090.02630.0444-0.043538.043243.713670.9606
23.98760.33210.53262.25771.15244.91250.13860.0145-0.2528-0.1402-0.16270.1396-0.58320.06240.0241-0.10180.058-0.0794-0.32390.0619-0.142523.262623.267675.3443
318.50624.443926.038438.80532.600637.12960.27021.5697-2.8653-0.20642.94651.4456-0.7838-2.3119-3.2167-0.0028-0.07730.08240.00670.0618-0.016435.743332.961668.438
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A81 - 177
2X-RAY DIFFRACTION2A178 - 378
3X-RAY DIFFRACTION3A500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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