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- PDB-3hdc: The crystal structure of thioredoxin protein from Geobacter metal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hdc
タイトルThe crystal structure of thioredoxin protein from Geobacter metallireducens
要素Thioredoxin family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / thioredoxin / Geobacter metallireducens / GS-15 / ATCC53774 / DSM 7210 / 11211i / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


antioxidant activity / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily ...: / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TlpA family-related protein disulfide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.771 Å
データ登録者Zhang, Z. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of thioredoxin protein from Geobacter metallireducens
著者: Zhang, Z. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2009年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年11月13日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: struct_conn / struct_keywords
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_keywords.text
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9991
ポリマ－17,9991
非ポリマー00
水3,027168
1
A: Thioredoxin family protein

A: Thioredoxin family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9982
ポリマ－35,9982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area2740 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.678, 63.678, 94.587
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細dimer, the second molecule is generated by the two fold axis: X-Y, -Y, Z+2/3.

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin family protein


分子量: 17999.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
株: strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: Gmet_1383 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Codon+RIL-Stratagene / 参照: UniProt: Q39VV7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.01 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 0.1 M Citric acid pH 3.5, 3.0 M Sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 21827 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.77→1.8 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Num. unique all: 1063 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.771→35.9 Å / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1966 1134 5.2 %RANDOM
Rwork0.1788 ---
obs0.1798 21827 98.59 %-
all-22100 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.239 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8818 Å20 Å2-0 Å2
2--2.8818 Å20 Å2
3----5.7636 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.771→35.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1186 0 0 168 1354
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7714-1.8520.19661460.16452452X-RAY DIFFRACTION96
1.852-1.94960.20291370.15912500X-RAY DIFFRACTION97
1.9496-2.07170.20711370.16092572X-RAY DIFFRACTION98
2.0717-2.23170.20581330.16492563X-RAY DIFFRACTION99
2.2317-2.45620.18941640.17572565X-RAY DIFFRACTION99
2.4562-2.81150.23971230.19472632X-RAY DIFFRACTION99
2.8115-3.54170.18971350.18312669X-RAY DIFFRACTION100
3.5417-35.90730.17471590.1812740X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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