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- PDB-3hcp: Human ferrochelatase with Mn and deuteroporphyrin bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hcp
タイトルHuman ferrochelatase with Mn and deuteroporphyrin bound
要素Ferrochelatase, mitochondrial
キーワードLYASE / ferrochelatase / metal selectivity / Disease mutation / Heme biosynthesis / Iron / Iron-sulfur / Membrane / Metal-binding / Mitochondrion / Mitochondrion inner membrane / Porphyrin biosynthesis / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


protoporphyrinogen IX metabolic process / regulation of hemoglobin biosynthetic process / detection of UV / iron-responsive element binding / response to platinum ion / response to insecticide / protoporphyrin ferrochelatase / heme O biosynthetic process / heme B biosynthetic process / heme A biosynthetic process ...protoporphyrinogen IX metabolic process / regulation of hemoglobin biosynthetic process / detection of UV / iron-responsive element binding / response to platinum ion / response to insecticide / protoporphyrin ferrochelatase / heme O biosynthetic process / heme B biosynthetic process / heme A biosynthetic process / ferrochelatase activity / very-low-density lipoprotein particle assembly / response to methylmercury / response to arsenic-containing substance / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / response to light stimulus / Mitochondrial protein degradation / cellular response to dexamethasone stimulus / cholesterol metabolic process / erythrocyte differentiation / generation of precursor metabolites and energy / response to lead ion / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / response to ethanol / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / heme binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Ferrochelatase / Ferrochelatase, active site / Ferrochelatase, C-terminal / Ferrochelatase, N-terminal / Ferrochelatase / Ferrochelatase signature. / Rossmann fold - #1400 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLIC ACID / FE(III) DEUTEROPORPHYRIN IX / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / IMIDAZOLE / Ferrochelatase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Medlock, A.E. / Dailey, H.A. / Lanzilotta, W.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Product release rather than chelation determines metal specificity for ferrochelatase.
著者: Medlock, A.E. / Carter, M. / Dailey, T.A. / Dailey, H.A. / Lanzilotta, W.N.
履歴
登録2009年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrochelatase, mitochondrial
B: Ferrochelatase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,55013
ポリマ－82,2052
非ポリマー3,34511
水9,620534
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10040 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area27310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.574, 93.687, 109.483
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ferrochelatase, mitochondrial / Protoheme ferro-lyase / Heme synthetase


分子量: 41102.289 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 65-423 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FECH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22830, EC: 4.99.1.1

-
非ポリマー , 6種, 545分子

#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物
ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸


分子量: 408.571 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-FDE / FE(III) DEUTEROPORPHYRIN IX


分子量: 564.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H28FeN4O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-Tris, 20% pentaerythritolethyloxylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 86.266 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 117518 / Num. obs: 116202 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 32.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 11427 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CNS精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→46.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.995 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20129 5874 5 %RANDOM
Rwork0.16992 ---
obs0.17153 116112 99.33 %-
all-117518 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.969 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å20 Å2
2---0.72 Å20 Å2
3---1.05 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5770 0 218 534 6522
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0226235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.022.0218504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.615740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.30923.616271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.216151082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1011545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2939
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024644
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.22940
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.24289
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2469
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.071.53749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64325929
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.72232841
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1844.52555
LS精密化 シェル解像度: 2→2.055 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 223 -
Rwork0.181 3814 -
obs--91.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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