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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hcl | ||||||||||||||||||
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タイトル | Helical superstructures in a DNA oligonucleotide crystal | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / oligonucleotide / superhelices / supramolecular chemistry | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() De Luchi, D. / Martinez de Ilarduya, I. / Subirana, J.A. / Uson, I. / Campos, J.L. | ![]() ![]() タイトル: A geometric approach to the crystallographic solution of nonconventional DNA structures: helical superstructures of d(CGATAT) 著者: Martinez de Ilarduya, I. / De Luchi, D. / Subirana, J.A. / Campos, J.L. / Uson, I. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 11.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 368.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 369.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The ATAT part of the structure forms a B-DNA structure by the symmetry operation: x-y,-y+1,-z. The CG part of the sequence forms a Z-DNA step by the symmetry operation: x,x-y,-z+1/3. The cgatat sequence pairs itself with various symmetry equivalents leading to a complex interconnected superstructure. |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1808.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.08 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9783 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.59→35 Å / Num. all: 924 / Num. obs: 924 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 0.99 % / Biso Wilson estimate: 80 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.017 / Net I/σ(I): 43.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.59→2.63 Å / 冗長度: 1 % / Mean I/σ(I) obs: 12.5 / Num. unique all: 56 / Rsym value: 0.071 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 231D 解像度: 2.59→33.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 11.662 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.354 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.871 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.59→33.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.586→2.653 Å / Total num. of bins used: 20
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