[日本語] English
万見
- PDB-3hbh: Class IV chitinase structure from Picea abies at 2.25A -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hbh
タイトルClass IV chitinase structure from Picea abies at 2.25A
要素Class IV chitinase Chia4-Pa2
キーワードHYDROLASE / endochitinase / chitinase / class IV / family 19 / conformational changes / Chitin-binding / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / cell wall macromolecule catabolic process / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Chitinases family 19 signature 1. / Chitinases family 19 signature 2. / Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. ...Chitinases family 19 signature 1. / Chitinases family 19 signature 2. / Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Class IV chitinase Chia4-Pa2
類似検索 - 構成要素
生物種Picea abies (ドイツトウヒ)
手法X線回折 / シンクロトロン / REFMAC 5.2.0019 rigidbody refinement / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Ubhayasekera, W. / Mowbray, S.L.
引用ジャーナル: Plant Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The first crystal structures of a family 19 class IV chitinase: the enzyme from Norway spruce.
著者: Ubhayasekera, W. / Rawat, R. / Ho, S.W. / Wiweger, M. / Von Arnold, S. / Chye, M.L. / Mowbray, S.L.
履歴
登録2009年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Class IV chitinase Chia4-Pa2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5321
ポリマ－21,5321
非ポリマー00
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.584, 66.415, 36.607
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Class IV chitinase Chia4-Pa2


分子量: 21531.814 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic module / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Picea abies (ドイツトウヒ) / プラスミド: pPIC9K / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q6WSR8, chitinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.53 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% w/v polyethylene glycol 3000, 0.1M citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 8202 / % possible obs: 99.1 % / Rmerge(I) obs: 0.105
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.225 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
REFMAC5.2.0019 rigidbody refinement精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019 rigidbody refinement位相決定
精密化構造決定の手法: REFMAC 5.2.0019 rigidbody refinement
開始モデル: Structure of Picea abies chitinase (PDB entry 3HBD)

3hbd


解像度: 2.25→36.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 6.148 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.397 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22482 377 4.6 %RANDOM
Rwork0.15377 ---
obs0.15713 7796 98.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.472 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→36.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1511 0 0 116 1627
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0211551
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6421.9142097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6115203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.0824.92567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.16315231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.604153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2708
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21073
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2470.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9741.51021
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72121573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9133630
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2514.5524
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 24 -
Rwork0.171 510 -
obs--88.41 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る