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- PDB-3hbc: Crystal Structure of Choloylglycine Hydrolase from Bacteroides th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hbc
タイトルCrystal Structure of Choloylglycine Hydrolase from Bacteroides thetaiotaomicron VPI
要素Choloylglycine hydrolase
キーワードHYDROLASE / alpha-beta sandwich / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Penicillin V Acylase; Chain A / Penicillin V Acylase; Chain A / Choloylglycine hydrolase/NAAA C-terminal / Linear amide C-N hydrolases, choloylglycine hydrolase family / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / hydrolase activity / Alpha Beta / Choloylglycine hydrolase
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.269 Å
データ登録者Kim, Y. / Bigelow, L. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Choloylglycine Hydrolase from Bacteroides thetaiotaomicron VPI
著者: Kim, Y. / Bigelow, L. / Buck, K. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Choloylglycine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9989
ポリマ－36,3811
非ポリマー6178
水2,126118
1
A: Choloylglycine hydrolase
ヘテロ分子

A: Choloylglycine hydrolase
ヘテロ分子

A: Choloylglycine hydrolase
ヘテロ分子

A: Choloylglycine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,99236
ポリマ－145,5264
非ポリマー2,46732
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556x,-y+1/2,-z+3/21
crystal symmetry operation11_556-x+1/2,y,-z+3/21
crystal symmetry operation14_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area15180 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area46800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.281, 135.208, 167.589
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-21-

HOH

21A-367-

HOH

31A-409-

HOH

詳細tetramer, x,y,z -x+1/2,y,-z+3/2 ; translation +1 in z axis x,-y+1/2,-z+3/2 -x+1/2,-y+1/2,z; translation +1 in Z axis

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要素

#1: タンパク質 Choloylglycine hydrolase


分子量: 36381.418 Da / 分子数: 1 / 断片: CGH 26-342 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_2086 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q8A600
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05 M Magnesium chloride, 0.1 M HEPES 7.5, 30 % v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→42.39 Å / Num. obs: 19843 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 50.22 Å2 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 949 / Rsym value: 0.849 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RESOLVEモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 2009_02_15_2320_3)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.269→42.39 Å / SU ML: 1.02 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1000 5.14 %random
Rwork0.191 ---
all0.193 19461 --
obs0.193 19461 98.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.185 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.8606 Å2-0 Å20 Å2
2---7.5759 Å2-0 Å2
3---1.7153 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.269→42.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2433 0 40 118 2591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.195
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.647
X-RAY DIFFRACTIONfhirality0.076
X-RAY DIFFRACTIONflanarity0.004
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.2692-2.38880.34551370.28462380251791
2.3888-2.53850.30391510.260726302781100
2.5385-2.73450.29111320.232126622794100
2.7345-3.00960.26071490.215426422791100
3.0096-3.44490.23761340.192426842818100
3.4449-4.33950.18721520.161426902842100
4.3395-42.40230.21141450.1722773291899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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