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- PDB-3hal: Crystal structure of Rabbit acidic fibroblast growth factor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hal
タイトルCrystal structure of Rabbit acidic fibroblast growth factor
要素Fibroblast growth factor 1 isoform 1
キーワードHORMONE / beta-trefoil
機能・相同性
機能・相同性情報


branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / fibroblast growth factor receptor binding / organ induction / S100 protein binding / positive regulation of sprouting angiogenesis / positive regulation of cell division / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / lung development ...branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / fibroblast growth factor receptor binding / organ induction / S100 protein binding / positive regulation of sprouting angiogenesis / positive regulation of cell division / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / lung development / positive regulation of endothelial cell migration / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / growth factor activity / wound healing / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / integrin binding / heparin binding / cellular response to heat / extracellular matrix / angiogenesis / cell cortex / cell differentiation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / : / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Multifunctional fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Blaber, M. / Lee, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: X-ray structure and biophysical properties of rabbit fibroblast growth factor 1.
著者: Lee, J. / Blaber, S.I. / Irsigler, A. / Aspinwall, E. / Blaber, M.
履歴
登録2009年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor 1 isoform 1
B: Fibroblast growth factor 1 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4746
ポリマ－33,2112
非ポリマー2634
水4,125229
1
A: Fibroblast growth factor 1 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7373
ポリマ－16,6061
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fibroblast growth factor 1 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7373
ポリマ－16,6061
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.182, 44.737, 67.051
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.550, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor 1 isoform 1


分子量: 16605.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: FGF1 / プラスミド: PET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B7NZB1
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG4000, 0.1M Na HEPES (pH7.5), 0.2M NaOAc, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→36.43 Å / Num. all: 25636 / Num. obs: 24147 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 22.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 36.07
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 3.93 / Num. unique all: 2538 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JQZ

1jqz


解像度: 1.8→31.911 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 1.17 / σ(F): 0.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1883 7.8 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.185 24147 93.78 %-
all-25636 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.95 Å2 / ksol: 0.457 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 84.65 Å2 / Biso mean: 29.35 Å2 / Biso min: 12.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.884 Å2-0 Å23.205 Å2
2--0.561 Å2-0 Å2
3---1.324 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.911 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2094 0 12 229 2335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064196
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8067564
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0031046
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.8590.2681670.2281947211483
1.859-1.9340.2371720.22046221887
1.934-2.0220.2341820.192134231691
2.022-2.1280.2111870.1732236242394
2.128-2.2610.2531830.1722248243195
2.261-2.4360.2381990.1692282248196
2.436-2.6810.2541860.192307249397
2.681-3.0690.2391990.1742310250998
3.069-3.8650.1972040.1722375257999
3.865-31.9160.2072040.1832379258397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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