PDB-3ha4: Crystal structure of the type one membrane protein MIX1 from Leis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ha4

タイトル

Crystal structure of the type one membrane protein MIX1 from Leishmania

要素

MIX1

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / TPR-like / helix-turn-helix

機能・相同性

Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #690 / Mitochondrial membrane-anchored protein / Mitochondrial membrane-anchored proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / protein homodimerization activity / Mainly Alpha / CARBONATE ION / Mitochondrial membrane-anchored protein domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Gorman, M.A. / Walsh, P.J. / Parker, M.W.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the Leishmania major MIX protein: A scaffold protein that mediates protein-protein interactions.
著者: Gorman, M.A. / Uboldi, A.D. / Walsh, P.J. / Tan, K.S. / Hansen, G. / Huyton, T. / Ji, H. / Curtis, J. / Kedzierski, L. / Papenfuss, A.T. / Dogovski, C. / Perugini, M.A. / Simpson, R.J. / ...

履歴

登録	2009年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ha4.cif.gz	399.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ha4.ent.gz	332.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ha4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/3ha4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/3ha4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MIX1

B: MIX1

C: MIX1

D: MIX1

E: MIX1

F: MIX1

G: MIX1

H: MIX1

ヘテロ分子

141 kDa, 8 ポリマー
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1

A: MIX1

E: MIX1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.4 kDa, 2 ポリマー

2

B: MIX1

D: MIX1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 2 ポリマー
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3

C: MIX1

G: MIX1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 2 ポリマー
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4

F: MIX1

H: MIX1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.524, 100.389, 140.651
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	MIX1 分子量: 17673.150 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 46-195 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 株: Friedlin / 遺伝子: LmjF08.1200 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q4QI49
#2: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.18M di-ammonium-hydrogen phosphate, 0.1M citric acid, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95364 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月15日
放射	モノクロメーター: SILICON 1 1 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95364 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 90601 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 31 Å² / R_merge(I) obs: 0.1827
反射シェル	解像度: 2.15→2.25 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.737 / Mean I/σ(I) obs: 3.64 / Num. unique all: 8903 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.4→19.961 Å / SU ML: -0 / Isotropic thermal model: TLS and isotropic ADP refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2606	2594	5.04 %	RANDOM
R_work	0.2116	-	-	-
obs	0.214	51472	99.35 %	-
all	-	0	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.02 Å² / k_sol: 0.351 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.961 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7660	0	4	246	7910

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_deg	1.421
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.066

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4436	0.3512	149	0.3309	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4436-2.4905	0.38	144	0.3268	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4905-2.5412	0.3337	131	0.2672	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5412-2.5964	0.3115	148	0.2522	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5964-2.6566	0.3096	152	0.2461	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6566-2.7229	0.3251	159	0.2455	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7229-2.7964	0.2847	121	0.25	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7964-2.8784	0.2846	125	0.2365	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8784-2.971	0.3032	124	0.2478	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.971-3.0768	0.321	133	0.2439	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0768-3.1996	0.277	123	0.237	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1996-3.3445	0.2568	153	0.2254	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3445-3.52	0.2351	146	0.2098	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.7392	0.2697	140	0.1928	2524	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7392-4.0257	0.1932	134	0.17	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0257-4.4268	0.18	130	0.1569	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4268-5.0582	0.1938	109	0.153	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0582-6.3388	0.2693	144	0.1858	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3388-19.9615	0.2073	129	0.1897	2563	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.4539	3.2338	4.3255	3.5326	3.0464	2.7172	-0.7778	0.5706	0.4965	0.1268	-1.0901	-1.038	0.312	0.1513	1.7406	0.3161	0.0067	0.1197	0.3626	0.1469	0.7974	74.4193	-16.2453	17.3209
2	1.0773	0.9797	0.4094	1.4445	-0.0035	0.004	0.1289	0.0048	-0.0728	0.1636	-0.1569	0.0413	0.0097	0.0784	0.0319	0.2607	-0.0188	0.0315	0.2585	-0.0387	0.2425	59.0709	-4.4174	19.3746
3	0.4833	-0.2269	0.2447	1.5778	0.7592	0.8309	0.034	-0.007	-0.039	-0.1418	-0.0143	0.008	-0.1517	-0.0181	-0.0273	0.2717	-0.0239	0.0247	0.2619	-0.017	0.2967	54.3638	-8.9517	8.871
4	-3.8162	-1.8185	1.4291	-1.5547	0.5512	-0.958	0.1058	0.2572	-0.1903	0.1097	0.1103	0.9778	-0.0084	-0.0105	-0.0891	0.5632	-0.0862	-0.0367	0.7271	0.0572	1.052	58.3897	-19.8078	21.7633
5	0.1381	0.2179	0.1266	0.4471	1.2687	1.5647	0.0975	-0.0155	-0.1858	-0.3084	-0.1348	0.0398	0.2722	-0.1977	0.21	0.3029	-0.0405	-0.0157	0.2039	0.011	0.4365	47.4241	-18.4124	8.3249
6	-0.8161	4.3395	-2.5677	5.5337	-8.5839	4.0885	-1.1051	-0.1896	-0.4977	-0.2545	-0.4036	-1.0309	0.5165	-0.4175	1.4931	1.1295	0.0992	-0.1533	0.9503	-0.3743	0.8862	89.0794	25.7418	42.8689
7	0.3199	0.4336	-1.4825	1.8169	0.3324	0.7972	-0.0375	0.1549	-0.1143	-0.0321	-0.0361	-0.1578	0.2562	-0.1536	0.0113	0.3329	-0.0287	-0.061	0.3841	0.0435	0.3296	86.8137	39.6405	53.0322
8	-0.353	0.9599	-0.4311	1.3433	0.2131	1.4778	-0.0916	0.0805	-0.0103	-0.0144	0.1233	0.1393	0.1674	-0.2164	-0.0036	0.2614	-0.0454	-0.0607	0.2889	0.0149	0.328	83.4319	34.5505	57.5552
9	-0.8376	3.1598	-8.3707	-1.1232	-0.3006	1.105	1.2202	1.1081	1.045	0.1647	0.1423	1.3078	-0.172	-1.2747	-1.3669	0.3876	0.13	-0.1748	0.7524	0.1786	0.7468	70.5673	38.5398	61.6472
10	-0.2321	0.3081	0.0604	2.1043	-1.0843	0.6182	0.1271	0.0194	-0.294	-0.0584	-0.0176	0.063	0.1104	0.0082	-0.0934	0.2781	-0.0245	-0.0162	0.2459	0.0237	0.3358	87.5205	28.5279	66.7559
11	-0.0158	-0.7854	0.0694	1.4207	-0.3838	0.7851	0.1783	0.1084	-0.0584	-0.1965	-0.0719	0.3522	0.1178	-0.0823	-0.0939	0.3371	0.0287	-0.0413	0.2522	0.0474	0.2739	45.7513	32.6362	4.8416
12	3.2893	-7.4795	-3.4465	6.0932	-2.6599	7.3019	-1.7225	-0.4899	-1.6015	-0.7173	-0.0251	1.2487	-0.0615	-0.3606	1.7023	0.379	-0.0136	-0.0837	0.3051	0.0348	0.8352	36.0406	27.0204	-2.1998
13	0.3648	0.4219	0.2231	1.2393	0.1036	0.1334	0.0153	0.0148	0.1244	-0.1311	-0.0486	-0.0307	-0.1858	0.041	0.0336	0.3858	0.0305	-0.004	0.3148	0.0246	0.3287	46.3868	23.9573	3.3968
14	0.965	0.0477	0.1219	0.0935	-1.0602	-2.7821	0.8109	-0.2692	-0.037	-0.3464	-0.9422	0.0988	-0.2487	0.0944	0.0757	0.785	-0	0.0006	0.4419	-0.0396	0.3262	43.4452	18.3669	-9.9355
15	1.1021	-0.2022	0.0568	1.6333	-1.3437	-0.508	-0.1214	0.0285	-0.1861	-0.1461	-0.0628	-0.0884	0.0967	0.0886	0.1738	0.3197	0.0509	-0.0306	0.2753	0.033	0.2686	47.0553	15.2329	10.0079
16	1.0602	-0.0824	0.0227	1.6493	1.1135	-0.7836	-0.11	0.0005	0.0821	-0.6978	0.0509	0.0908	-0.098	0.1838	0.0782	0.4497	0.0445	-0.0307	0.3172	0.0034	0.267	46.5113	5.7487	67.8555
17	-2.3196	0.9106	0.9293	4.6104	-0.167	3.4597	-0.1272	0.0567	0.1214	0.0279	-0.2946	0.5191	-0.0899	0.3392	0.4898	1.0529	-0.0709	-0.0803	0.6147	-0.1354	0.6666	39.7316	-3.9729	65.1651
18	-0.1212	-0.7684	-0.0484	1.692	0.6391	0.9185	0.0611	0.0275	0.0287	-0.1872	-0.0437	0.0505	-0.1299	-0.257	-0.0193	0.2102	0.0075	0.0249	0.188	0.0076	0.1819	49.9318	0.3812	74.1664
19	0.3192	-0.2695	-0.0483	1.6252	1.3116	1.801	0.0312	0.068	-0.1894	0.0427	0.1312	-0.4712	0.1741	0.0982	-0.1337	0.1773	-0.0022	-0.036	0.1723	0.0323	0.2578	54.065	-4.3748	78.413
20	0.2376	-1.721	1.4838	1.0773	-0.8402	0.7159	0.0153	-0.0813	-0.023	-0.0165	0.0857	-0.1775	0.1607	-0.0259	-0.1311	0.2808	-0.0257	0.0084	0.2963	-0.0001	0.2454	52.0117	3.5276	84.6162
21	0.2474	-1.053	-1.5667	-0.7891	-0.6882	-0.4558	0.1594	-0.5247	-0.6049	-0.1446	-0.0016	-0.1557	0.1575	0.2383	-0.1481	0.4358	0.2156	0.0255	0.6736	0.002	0.6247	55.1201	29.872	51.447
22	2.3022	0.3746	2.0088	7.9208	-4.1942	3.3275	0.4842	1.3004	0.1803	0.8032	-0.4345	-0.7735	-0.3801	0.2756	-0.1065	0.5329	0.0908	0.0392	0.6982	-0.056	0.4906	60.3547	41.7743	53.4313
23	0.8011	-0.5199	-1.5543	2.9166	-0.41	0.5415	0.2261	0.3105	-0.0176	-0.2182	-0.2362	-0.5238	0.0832	0.1865	-0.0156	0.2489	0.0456	0.0877	0.4938	0.0017	0.3301	54.5004	39.0266	40.9521
24	1.3653	-3.4787	1.8278	1.2555	0.2615	1.5953	0.7525	1.8597	-1.3417	-0.0735	0.0314	0.7649	-0.1028	-0.4594	-0.7645	0.4216	0.1149	-0.1389	0.6823	-0.2211	0.5109	43.3954	26.4184	41.4884
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39	-1.9928	-0.1854	-0.6253	0.4142	0.024	0.3262	-0.2872	0.1869	-0.4942	-0.0075	0.0335	-0.5114	0.04	0.5648	0.2575	0.5828	0.0901	-0.1292	0.8882	0.0901	1.0024	86.0433	-9.4043	42.563
40	0.2508	0.8731	-0.5619	0.773	-0.9835	-0.5883	0.13	-0.2006	0.0708	-0.0038	-0.0331	0.1445	0.1445	-0.0204	-0.1008	0.4274	-0.0199	-0.0231	0.3775	0.022	0.3389	65.7865	-2.8844	43.6241

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 59:64)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 65:89)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 90:155)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 156:161)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 162:184)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 65:71)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain B and resid 72:87)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and resid 88:122)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain B and resid 123:133)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and resid 134:184)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain C and resid 69:84)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain C and resid 85:89)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain C and resid 90:122)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain C and resid 123:133)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain C and resid 134:183)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain D and resid 71:88)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain D and resid 89:94)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain D and resid 95:126)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain D and resid 127:155)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain D and resid 156:184)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain E and resid 70:84)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain E and resid 85:94)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain E and resid 95:153)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain E and resid 154:162)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain E and resid 163:180)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain F and resid 55:61)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain F and resid 62:89)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain F and resid 90:154)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain F and resid 155:161)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain F and resid 162:183)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain G and resid 69:73)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain G and resid 74:116)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain G and resid 117:155)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain G and resid 156:166)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain G and resid 167:182)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain H and resid 72:79)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain H and resid 80:95)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain H and resid 96:122)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain H and resid 123:137)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain H and resid 138:180)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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