PDB-3h9p: Crystal structure of putative triphosphoribosyl-dephospho-coA syn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h9p

タイトル

Crystal structure of putative triphosphoribosyl-dephospho-coA synthase from Archaeoglobus fulgidus

要素

putative triphosphoribosyl-dephospho-coA synthase

キーワード

structural genomics / unknown function / Archaeoglobus fulgidus / putative triphosphoribosyl-dephospho-coA synthase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

triphosphoribosyl-dephospho-CoA synthase activity / phosphorylation / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Chang, C. / Wu, R. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative triphosphoribosyl-dephospho-coA synthase from Archaeoglobus fulgidus
著者: Chang, C. / Wu, R. / Gu, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3h9p.ent.gz	115.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3h9p_validation.pdf.gz	466.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3h9p_full_validation.pdf.gz	477.6 KB	表示
XML形式データ	3h9p_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	3h9p_validation.cif.gz	36.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/3h9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/3h9p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2gfb-2 4odu-1 4ma3-2 2o5z-d 2ajx-d 6wju-2 5tpl-d 6rlm-3 6kx0-d 4wcw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC86791.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: putative triphosphoribosyl-dephospho-coA synthase

B: putative triphosphoribosyl-dephospho-coA synthase

C: putative triphosphoribosyl-dephospho-coA synthase

ヘテロ分子

85.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: putative triphosphoribosyl-dephospho-coA synthase

B: putative triphosphoribosyl-dephospho-coA synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: putative triphosphoribosyl-dephospho-coA synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.806, 77.725, 66.654
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.99, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

A and B makes dimer as is. C makes dimer with symmetric counter part of C using vector (1-x, y, 1-z)

#1: タンパク質	putative triphosphoribosyl-dephospho-coA synthase 分子量: 28431.672 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌) 遺伝子: AF_1835 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: O28441
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.77 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 0.1M CHES pH 9.5, 25% PEG8000 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月8日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 30676 / Num. obs: 30320 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 27.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.32 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 3.71 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
SHELXD		位相決定
RESOLVE		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 15.817 / SU ML: 0.177 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23876	1527	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19488	-	-	-
obs	0.19713	28681	98.35 %	-
all	-	30208	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.612 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.74 Å²	0 Å²	1.01 Å²
2-	-	0.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5094	0	20	142	5256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	5198
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.97	7001
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.308	5	655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.62	23.818	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.765	15	894
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.599	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3858
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.761	1.5	3294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.423	2	5177
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.407	3	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.937	4.5	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.298→2.358 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	112	-
R_work	0.215	2045	-
obs	-	-	95.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1398	0.8436	-0.3628	1.7544	1.3542	5.9285	0.0378	-0.0639	0.0688	-0.0978	-0.0123	-0.2005	-0.6666	0.4733	-0.0255	0.1283	-0.0591	0.0111	0.0595	0.026	0.1167	35.8594	54.834	24.4217
2	3.1376	-0.7502	-0.3518	3.0685	0.5721	3.4491	0.1498	0.3246	-0.1153	-0.235	-0.2037	0.0736	0.2771	-0.3983	0.0539	0.0548	-0.0082	-0.0119	0.0748	-0.0219	0.0312	27.1575	45.5709	22.7812
3	3.9409	-0.7316	-2.1555	2.8264	0.8943	4.3925	-0.2423	0.0133	-0.3398	0.2527	-0.0952	-0.0198	0.4511	0.0201	0.3375	0.1134	-0.0212	0.0242	0.0105	-0.0021	0.0814	34.3218	33.0263	28.8417
4	5.9533	0.0726	-0.5951	9.6089	-2.3709	8.296	-0.3124	0.318	-0.4019	0.0456	0.019	-0.8305	0.3283	0.8387	0.2934	0.0393	0.0319	0.0039	0.1407	-0.0589	0.1963	47.9625	26.8689	21.0011
5	2.3355	-1.0183	-1.6032	2.0849	1.638	8.4002	-0.1916	0.0057	-0.4265	0.1379	-0.0181	0.1769	0.8099	-0.296	0.2097	0.1395	-0.0842	0.0254	0.0652	0.0103	0.13	29.4539	43.8121	-9.679
6	2.4168	-1.6655	0.144	2.3083	0.26	4.3606	-0.0184	-0.2585	0.0011	0.143	0.063	-0.004	-0.4698	0.2847	-0.0446	0.1254	-0.0906	0.0008	0.0996	0.0017	0.1114	37.9362	53.5139	-7.9243
7	1.3015	-0.3281	-1.1279	3.4655	-2.4326	7.5179	-0.0827	-0.1786	-0.1262	-0.0104	-0.2608	-0.2909	0.0329	0.8593	0.3435	0.0385	-0.049	0.0116	0.1998	0.0392	0.0696	51.7235	47.1628	-11.0019
8	11.3051	1.3861	-4.3963	6.8169	3.7734	6.0318	-0.1013	-0.335	-0.4499	0.5019	0.0931	-0.4741	0.8319	0.9029	0.0083	0.1995	0.1872	-0.0344	0.3722	0.1124	0.1215	58.109	35.2632	-0.834
9	1.7433	-0.2953	-1.7393	2.2651	1.723	10.4452	0.0409	0.0631	0.1856	0.0444	-0.1729	0.1227	0.0821	-0.6966	0.132	0.0066	-0.019	0.007	0.0834	-0.0087	0.04	53.3834	64.9702	47.8608
10	2.6428	-0.2621	-0.5315	4.6427	-0.0125	6.142	0.0314	0.0101	0.1253	-0.0903	-0.0373	-0.1179	0.3401	0.527	0.0059	0.0319	0.0068	0.0004	0.1102	-0.0031	0.0692	65.8756	65.43	49.2037
11	1.402	-0.9292	-0.6779	6.2107	-4.3956	9.8155	0.0513	-0.3463	0.6098	0.5792	-0.2847	-0.6941	-0.5499	0.5473	0.2334	0.1067	-0.1368	-0.0466	0.2559	-0.061	0.3307	69.9961	79.3892	54.5139
12	4.5132	2.2244	4.9012	4.8147	0.1121	11.6734	-0.0882	0.3378	0.7453	-0.0964	-0.2271	-0.1331	-0.9694	-0.0735	0.3153	0.1998	0.1182	0.1078	0.1775	0.2037	0.3982	69.0223	92.826	45.1413

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	39 - 77
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	118 - 133
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	147 - 158
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	83 - 117
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	159 - 180
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	181 - 219
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	254 - 275
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	220 - 253
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	41 - 77
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	118 - 133
11	X-RAY DIFFRACTION	5	B	147 - 158
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	83 - 117
13	X-RAY DIFFRACTION	6	B	159 - 180
14	X-RAY DIFFRACTION	7	B	181 - 219
15	X-RAY DIFFRACTION	7	B	254 - 275
16	X-RAY DIFFRACTION	8	B	220 - 253
17	X-RAY DIFFRACTION	9	C	43 - 76
18	X-RAY DIFFRACTION	9	C	118 - 133
19	X-RAY DIFFRACTION	9	C	147 - 158
20	X-RAY DIFFRACTION	10	C	83 - 117
21	X-RAY DIFFRACTION	10	C	159 - 180
22	X-RAY DIFFRACTION	11	C	181 - 219
23	X-RAY DIFFRACTION	11	C	254 - 275
24	X-RAY DIFFRACTION	12	C	220 - 253

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