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- PDB-3h9c: Structure of methionyl-tRNA synthetase: crystal form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h9c
タイトルStructure of methionyl-tRNA synthetase: crystal form 2
要素Methionyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / Rossmann fold / Aminoacyl-tRNA synthetase / ATP-binding / Metal-binding / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis / RNA-binding / tRNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methionyl-tRNA synthetase, Zn-domain / Methionine-tRNA ligase, type 1 / Methionyl-tRNA synthetase, Zn-domain / Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 ...Methionyl-tRNA synthetase, Zn-domain / Methionine-tRNA ligase, type 1 / Methionyl-tRNA synthetase, Zn-domain / Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / tRNA-binding domain / tRNA-binding domain profile. / Putative tRNA binding domain / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Rubrerythrin, domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Single Sheet / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Methionine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Schmitt, E. / Tanrikulu, I.C. / Yoo, T.H. / Panvert, M. / Tirrell, D.A. / Mechulam, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Switching from an induced-fit to a lock-and-key mechanism in an aminoacyl-tRNA synthetase with modified specificity.
著者: Schmitt, E. / Tanrikulu, I.C. / Yoo, T.H. / Panvert, M. / Tirrell, D.A. / Mechulam, Y.
履歴
登録2009年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7293
ポリマ－62,4721
非ポリマー2582
水18,8801048
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.890, 45.400, 86.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Methionyl-tRNA synthetase / Methionine-tRNA ligase / MetRS


分子量: 62471.551 Da / 分子数: 1 / 断片: M547 domain: UNP residues 2-548 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b2114, JW2101, metG / プラスミド: pBSM547 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101Tr / 参照: UniProt: P00959, methionine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1048 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: Ammonium citrate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月19日
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 109028 / Num. obs: 109028 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 19.108 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 19290 / Num. unique obs: 19290 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 90.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
CNS精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3H97

3h97


解像度: 1.4→29.54 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.899 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 6565 6.02 %
Rwork0.165 --
obs0.167 109028 94.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.75 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 49.85 Å2 / Biso mean: 15.238 Å2 / Biso min: 4.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.689 Å20 Å2-0.207 Å2
2--0.275 Å2-0 Å2
3----1.963 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4375 0 14 1048 5437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064499
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0556091
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005795
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6811627
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.4160.2731810.2372943312481
1.416-1.4330.2592100.2263032324286
1.433-1.450.2381870.2183213340089
1.45-1.4680.2272330.2093331356493
1.468-1.4880.1812200.1933437365796
1.488-1.5080.2252200.1853526374699
1.508-1.530.2112390.1783485372498
1.53-1.5530.2092190.1783525374498
1.553-1.5770.1922320.1743509374198
1.577-1.6030.1982490.1713504375398
1.603-1.630.1772250.1633524374998
1.63-1.660.1932080.1623490369898
1.66-1.6920.1812190.1613551377097
1.692-1.7260.1822050.1533455366097
1.726-1.7640.1832110.1573547375898
1.764-1.8050.2032320.1553470370297
1.805-1.850.1782210.1533475369697
1.85-1.90.1792350.1543480371597
1.9-1.9560.1862050.1553473367896
1.956-2.0190.1672100.1483444365496
2.019-2.0910.1652250.1493440366596
2.091-2.1750.1772020.1483484368695
2.175-2.2740.1872380.1633438367695
2.274-2.3940.1922160.1593447366395
2.394-2.5430.1942100.1653429363995
2.543-2.740.212350.1753372360794
2.74-3.0150.1962370.1693398363594
3.015-3.4510.1812210.1553375359693
3.451-4.3460.1592080.1393351355991
4.346-29.5470.1822120.1573315352788

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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