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万見
- PDB-3h94: Crystal structure of the membrane fusion protein CusB from Escher... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h94
タイトルCrystal structure of the membrane fusion protein CusB from Escherichia coli
要素Cation efflux system protein cusB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane fusion protein / CusCFBA copper/silver efflux system / Copper / Copper transport / Ion transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane copper ion transport / copper ion transmembrane transport / response to silver ion / silver ion transmembrane transport / copper ion transmembrane transporter activity / copper ion export / detoxification of copper ion / response to copper ion / cell envelope / transition metal ion binding ...plasma membrane copper ion transport / copper ion transmembrane transport / response to silver ion / silver ion transmembrane transport / copper ion transmembrane transporter activity / copper ion export / detoxification of copper ion / response to copper ion / cell envelope / transition metal ion binding / intracellular copper ion homeostasis / response to toxic substance / outer membrane-bounded periplasmic space / copper ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #730 / Long alpha hairpin domain of cation efflux system protein, CusB / : / conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold - #20 / conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold / Heavy metal binding domain / Heavy metal binding domain / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 ...Helix Hairpins - #730 / Long alpha hairpin domain of cation efflux system protein, CusB / : / conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold - #20 / conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold / Heavy metal binding domain / Heavy metal binding domain / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Helix Hairpins / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Helix non-globular / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SILVER ION / Cation efflux system protein CusB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.84 Å
データ登録者Su, C.-C. / Yang, F. / Long, F. / Reyon, D. / Routh, M.D. / Kuo, D.W. / Mokhtari, A.K. / Van Ornam, J.D. / Rabe, K.L. / Hoy, J.A. ...Su, C.-C. / Yang, F. / Long, F. / Reyon, D. / Routh, M.D. / Kuo, D.W. / Mokhtari, A.K. / Van Ornam, J.D. / Rabe, K.L. / Hoy, J.A. / Lee, Y.J. / Rajashankar, K.R. / Yu, E.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the membrane fusion protein CusB from Escherichia coli
著者: Su, C.C. / Yang, F. / Long, F. / Reyon, D. / Routh, M.D. / Kuo, D.W. / Mokhtari, A.K. / Van Ornam, J.D. / Rabe, K.L. / Hoy, J.A. / Lee, Y.J. / Rajashankar, K.R. / Yu, E.W.
履歴
登録2009年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cation efflux system protein cusB
B: Cation efflux system protein cusB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9174
ポリマ－88,7012
非ポリマー2162
水00
1
A: Cation efflux system protein cusB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4592
ポリマ－44,3511
非ポリマー1081
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cation efflux system protein cusB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4592
ポリマ－44,3511
非ポリマー1081
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.005, 114.418, 259.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 95:102 or resseq 320:385 )
211chain B and (resseq 95:102 or resseq 320:385 )
112chain A and (resseq 103:119 or resseq 243:319 )
212chain B and (resseq 103:119 or resseq 243:319 )
113chain A and (resseq 154:206 )
213chain B and (resseq 154:206 )
114chain A and (resseq 120:153 or resseq 207:241 )
214chain B and (resseq 120:153 or resseq 207:241 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 Cation efflux system protein cusB


分子量: 44350.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: cusB, ylcD, b0574, JW0563 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P77239
#2: 化合物 ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 15%PEG1000, 360mM Lithium Citrate, 5% Glycerol, 5% Isopropanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.3779,0.9792,0.9793,0.9949
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月29日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(111) side bounce monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.37791
20.97921
30.97931
40.99491
反射解像度: 3.84→40 Å / Num. obs: 363533 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 3.84→3.98 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.84→47.2 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.41 / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 36.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 649 4.96 %
Rwork0.28 --
obs0.28 13089 87.3 %
all-14447 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 175.778 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.8217 Å20 Å2-0 Å2
2--103.8426 Å20 Å2
3----43.2305 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.84→47.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4548 0 2 0 4550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014575
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.96233
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.6981673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.183754
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015798
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A544X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B544X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.798
21A739X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B739X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.862
31A417X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32B417X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.764
41A522X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42B522X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.802
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.3115 Å / Origin y: 29.2141 Å / Origin z: 77.5602 Å
111213212223313233
T0.7809 Å20.0799 Å2-0.0711 Å2-0.4225 Å20.1707 Å2--0.8327 Å2
L0.8554 °20.0409 °20.0912 °2-0.0053 °2-0.3027 °2--0.0627 °2
S0.0603 Å °0.1864 Å °0.1041 Å °0.0376 Å °0.0358 Å °0.2292 Å °0.0488 Å °-0.2254 Å °-0.1049 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA89 - 385
2X-RAY DIFFRACTION1allB89 - 385
3X-RAY DIFFRACTION1allB - A1 - 408

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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