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- PDB-3h93: Crystal Structure of Pseudomonas aeruginosa DsbA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h93
タイトルCrystal Structure of Pseudomonas aeruginosa DsbA
要素Thiol:disulfide interchange protein dsbA
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Disulfide bond / Redox-active center
機能・相同性
機能・相同性情報


disulfide oxidoreductase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiol:disulfide interchange protein DsbA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.501 Å
データ登録者Shouldice, S.R.
引用ジャーナル: Antioxid Redox Signal / 年: 2010
タイトル: Characterization of the DsbA Oxidative Folding Catalyst from Pseudomonas aeruginosa Reveals a Highly Oxidizing Protein that Binds Small Molecules.
著者: Shouldice, S.R. / Heras, B. / Jarrott, R. / Sharma, P. / Scanlon, M.J. / Martin, J.L.
履歴
登録2009年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein dsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0175
ポリマ－21,6491
非ポリマー3684
水5,801322
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.155, 41.155, 98.318
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein dsbA


分子量: 21648.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PA01 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: dsbA, PA5489 / プラスミド: pETLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pLysS / 参照: UniProt: P0C2B2
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 24% w/v PEG 1500, 22% v/v Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95364 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95364 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 28 % / Av σ(I) over netI: 46.48 / 数: 732228 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.05 / D res high: 1.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 26111 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.235099.610.050.99427.9
2.563.2310010.0610.99429.9
2.242.5610010.071.10430
2.042.2410010.0811.0430
1.892.0410010.1061.1230.1
1.781.8910010.1491.08130.1
1.691.7810010.1961.13930.1
1.621.6910010.2571.07530
1.551.6210010.3050.98125
1.51.5510010.3610.90517.3
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 51579 / Num. obs: 51579 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 28 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.051 / Net I/σ(I): 46.483
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 17.3 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Num. unique all: 2591 / Χ2: 0.905 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.75 / FOM acentric: 0.76 / FOM centric: 0.61 / 反射: 25929 / Reflection acentric: 25363 / Reflection centric: 566
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
4.3-29.1010.950.960.81139106871
2.7-4.30.940.940.8534813367114
2.1-2.70.870.880.7643434243100
1.9-2.10.790.80.514377429285
1.6-1.90.680.680.3678017671130
1.5-1.60.550.550.364788472266

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE2.13位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
PHENIXAutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.501→29.106 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.93 / SU ML: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The Friedel pairs were used in phasing and refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.152 2610 5.06 %random
Rwork0.11 ---
all0.112 51579 --
obs0.112 51538 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 73.581 Å2 / ksol: 0.398 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 50.23 Å2 / Biso mean: 16.466 Å2 / Biso min: 5.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.006 Å20 Å20 Å2
2---0.006 Å2-0 Å2
3---0.012 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.501→29.106 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1504 0 24 322 1850
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051648
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9692239
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.887623
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.501-1.5280.1781100.0952635274599
1.528-1.5580.1581470.09225142661100
1.558-1.590.1491120.08626412753100
1.59-1.6240.1471220.08625572679100
1.624-1.6620.1371140.08626412755100
1.662-1.7040.1811490.09525432692100
1.704-1.750.1541550.09525432698100
1.75-1.8010.1311360.09325912727100
1.801-1.8590.151630.08625242687100
1.859-1.9260.1671260.08725852711100
1.926-2.0030.1451440.08726182762100
2.003-2.0940.1531700.0925322702100
2.094-2.2040.1511350.09625722707100
2.204-2.3420.1521670.10325232690100
2.342-2.5230.1431060.10726082714100
2.523-2.7770.1591360.11225832719100
2.777-3.1780.1551400.11325812721100
3.178-4.0020.1281570.09725572714100
4.002-29.1060.131210.13825802701100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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