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- PDB-3h8y: Crystal structure of carboxysome small shell protein CsoS1C from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h8y
タイトルCrystal structure of carboxysome small shell protein CsoS1C from Halothiobacillus neapolitanus
要素Major carboxysome shell protein 1C
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / bacterial microcompartment domain
機能・相同性
機能・相同性情報


BMC (bacterial microcompartment) domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxysome shell protein CsoS1C
類似検索 - 構成要素
生物種Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Tsai, Y. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Analysis of lattice-translocation disorder in the layered hexagonal structure of carboxysome shell protein CsoS1C
著者: Tsai, Y. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
履歴
登録2009年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major carboxysome shell protein 1C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9301
ポリマ－9,9301
非ポリマー00
水43224
1
A: Major carboxysome shell protein 1C
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5836
ポリマ－59,5836
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area11990 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area21390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.675, 66.675, 63.007
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-122-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Major carboxysome shell protein 1C


分子量: 9930.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌)
遺伝子: csoS1C / プラスミド: pPROEx-Htb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RP / 参照: UniProt: P45688
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris HCl pH 8.5, 0.15M Sodium Citrate, 25% PEG 400, 0.01M nickel (II) chloride, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→90 Å / Num. all: 5538 / Num. obs: 5538 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 37.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Χ2: 1.272 / Net I/σ(I): 13.17
反射 シェル解像度: 2.5→2.69 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 6.94 / Num. unique all: 1103 / Χ2: 1.18 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.21 Å57.76 Å
Translation2.21 Å57.76 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2G13

2g13


解像度: 2.51→26.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.833 / WRfactor Rfree: 0.322 / WRfactor Rwork: 0.274 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / FOM work R set: 0.554 / SU B: 14.163 / SU ML: 0.342 / SU R Cruickshank DPI: 0.37 / SU Rfree: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.37 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.311 240 4.6 %RANDOM
Rwork0.255 ---
obs0.258 5271 95.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.65 Å2 / Biso mean: 35.061 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→26.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数675 0 0 24 699
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.022681
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9091.965924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.54331081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.12222.825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.29715107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.178157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.82465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7352198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4473737
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7462216
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6353187
LS精密化 シェル解像度: 2.509→2.574 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.608 15 -
Rwork0.292 366 -
all-381 -
obs--92.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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