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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3h8t | ||||||
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タイトル | Structure of Porphyromonas gingivalis heme-binding protein HmuY in complex with Heme | ||||||
要素 | HmuY | ||||||
キーワード | heme-binding protein / hemophore / bacterial virulence factor / periodontitis | ||||||
機能・相同性 | HmuY protein / HmuY protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HmuY 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Porphyromonas gingivalis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Wojtowicz, H. / Guevara, T. / Tallant, C. / Olczak, M. / Sroka, A. / Potempa, J. / Sola, M. / Olczak, T. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2009 タイトル: Unique structure and stability of HmuY, a novel heme-binding protein of Porphyromonas gingivalis 著者: Wojtowicz, H. / Guevara, T. / Tallant, C. / Olczak, M. / Sroka, A. / Potempa, J. / Sola, M. / Olczak, T. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3h8t.cif.gz | 184.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3h8t.ent.gz | 146.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3h8t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3h8t_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3h8t_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3h8t_validation.xml.gz | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3h8t_validation.cif.gz | 31.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/3h8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/3h8t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21227.529 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 26 TO 216 (26 to 34 disordered) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 遺伝子: HmuY, hmuY' / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2I2W2 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Crystallization assays were performed following the sitting-drop vapor diffusion method. Reservoir solutions were prepared by a Tecan robot and 200-nL crystallization drops were dispensed on ...詳細: Crystallization assays were performed following the sitting-drop vapor diffusion method. Reservoir solutions were prepared by a Tecan robot and 200-nL crystallization drops were dispensed on 96x2-well MRC plates (Wilden / Innovadyne) by a Cartesian nanodrop robot (Genomic Solutions) at the joint IBMB-CSIC/IRB/Barcelona Science Park High-Throughput Crystallography Platform (PAC). Best crystals as thin reddish prisms appeared in a Bruker steady-temperature crystal farm at 20 C using protein solution (26mg/mL in 5mM Tris/HCl, pH 8.0) and 2.4M (NH4)2SO4, 0.1M MES, pH6.0 as reservoir solution and D(+)-glucose monohydrate as additive (relative volumetric ratios 1:1:0.35). These conditions were successfully scaled up to the microliter range with Cryschem crystallization dishes (Hampton Research). VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→48.6 Å / Num. all: 47598 / Num. obs: 47598 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 17.6 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→48.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.29 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.133 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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