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- PDB-3h8h: Structure of the C-terminal domain of human RNF2/RING1B; -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h8h
タイトルStructure of the C-terminal domain of human RNF2/RING1B;
要素E3 ubiquitin-protein ligase RING2
キーワードTRANSCRIPTION / UBIQUITIN FOLD / LIGASE / RING1B / POLYCOMB / E3-LIGASE / NUCLEAR PROTEIN / CHROMOSOMAL PROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATION / METAL-BINDING / PROTO-ONCOGENE / CHROMATIN REGULATOR / UBL CONJUGATION PATHWAY / REPRESSOR / TRANSCRIPTION REGULATION COMPLEX / Nucleus / Phosphoprotein / Zinc-finger / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AK119 ubiquitin ligase activity / RING-like zinc finger domain binding / sex chromatin / PRC1 complex / PcG protein complex / SUMOylation of DNA methylation proteins / gastrulation with mouth forming second / SUMOylation of RNA binding proteins / anterior/posterior axis specification / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known ...histone H2AK119 ubiquitin ligase activity / RING-like zinc finger domain binding / sex chromatin / PRC1 complex / PcG protein complex / SUMOylation of DNA methylation proteins / gastrulation with mouth forming second / SUMOylation of RNA binding proteins / anterior/posterior axis specification / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Transcriptional Regulation by E2F6 / germ cell development / MLL1 complex / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / epigenetic regulation of gene expression / ubiquitin ligase complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Regulation of PTEN gene transcription / euchromatin / RING-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / ubiquitin protein ligase activity / mitotic cell cycle / gene expression / Oxidative Stress Induced Senescence / nuclear body / protein ubiquitination / chromatin remodeling / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase RING2 / E3 ubiquitin-protein ligase RING1/RING2 / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. ...E3 ubiquitin-protein ligase RING2 / E3 ubiquitin-protein ligase RING1/RING2 / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin-like (UB roll) / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RING2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Walker, J.R. / Bezsonova, I. / Bacik, J. / Duan, S. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Ring1B contains a ubiquitin-like docking module for interaction with Cbx proteins.
著者: Bezsonova, I. / Walker, J.R. / Bacik, J.P. / Duan, S. / Dhe-Paganon, S. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2009年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase RING2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2845
ポリマ－12,6461
非ポリマー6384
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: E3 ubiquitin-protein ligase RING2
ヘテロ分子

A: E3 ubiquitin-protein ligase RING2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,56910
ポリマ－25,2922
非ポリマー1,2768
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area2580 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area10790 Å2
手法PISA
3
A: E3 ubiquitin-protein ligase RING2
ヘテロ分子

A: E3 ubiquitin-protein ligase RING2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,56910
ポリマ－25,2922
非ポリマー1,2768
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area2050 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area10950 Å2
手法PISA
4
A: E3 ubiquitin-protein ligase RING2
ヘテロ分子

A: E3 ubiquitin-protein ligase RING2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,56910
ポリマ－25,2922
非ポリマー1,2768
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/61
Buried area1940 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area11060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.169, 72.169, 90.966
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RING2 / RING finger protein 2 / RING finger protein 1B / RING1b / RING finger protein BAP-1 / DinG protein ...RING finger protein 2 / RING finger protein 1B / RING1b / RING finger protein BAP-1 / DinG protein / Huntingtin-interacting protein 2-interacting protein 3 / HIP2-interacting protein 3


分子量: 12646.210 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 220-330 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAP1, DING, HIPI3, RING1B, RNF2 / プラスミド: PET28MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus
参照: UniProt: Q99496, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

-
非ポリマー , 5種, 63分子

#2: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 %
結晶化温度: 289 K / pH: 7.5
詳細: 2 M AMMONIUM SULPHATE, 2% PEG 400, 0.1 M HEPES, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月7日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→27.28 Å / Num. obs: 9884 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.2 % / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 28.58
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / Rsym value: 0.724 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.5.0063精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→27.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 7.699 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 471 4.8 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.202 9415 99.2 %-
all-9884 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20.17 Å20 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数724 0 25 59 808
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.022785
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7021.9991062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.877595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.33623.44829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.84515130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.021153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9241.5476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6482769
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5033309
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.94.5293
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 38 -
Rwork0.239 617 -
obs--92.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6260.1967-7.1444.9217-3.975517.0331-0.1039-0.60150.0030.77230.1331-0.0020.01770.0157-0.02930.2576-0.0591-0.03850.34290.00540.213419.377915.474214.5417
23.54560.64962.92813.48060.99949.2891-0.0551-0.1720.08760.20390.0378-0.1039-0.09220.07720.01730.11390.00880.00680.11420.00140.146921.153717.6368-1.4682
38.50086.7937-2.548910.35471.03616.02690.2172-0.17570.06440.115-0.0109-0.9498-0.67840.8204-0.20630.2715-0.0322-0.06380.2494-0.01780.38621.370921.3737-7.2758
46.48530.2397-3.40778.491-2.38219.74380.2324-0.224-0.14590.01180.014-0.2944-0.25651.0604-0.24640.146-0.0268-0.070.2112-0.02770.216124.817920.79767.2116
56.41162.87776.49326.5519-0.92019.6860.3835-0.47140.01910.5805-0.26930.23970.2586-0.2371-0.11420.20620.03960.03510.1924-0.01680.103711.849319.427213.575
69.91934.3011-0.361911.7495-1.55199.7643-0.0694-0.14050.00110.33670.14040.203-0.127-0.2885-0.0710.13270.0142-0.00760.1196-0.01140.128210.434624.87516.8846
79.69220.6032-1.0583.8521-0.82420.7167-0.14880.2874-0.082-0.3670.16970.0387-0.00910.1743-0.02090.2468-0.0452-0.01250.1757-0.0410.173518.774229.90513.4612
812.22084.67423.79826.8082.92665.1960.17490.08620.0395-0.08430.0094-0.1423-0.18910.281-0.18420.26820.0160.00180.25780.01720.250616.98832.0032-1.0833
94.238-1.33972.03029.3746-4.40295.634-0.06630.19590.38440.1332-0.3056-0.2074-0.25590.09890.37190.1105-0.0248-0.04020.09950.00140.120612.197920.1293-1.041
103.48881.5413-1.83283.55772.69968.74940.0060.3028-0.0949-0.1257-0.0279-0.25490.2074-0.18270.02180.14890.0167-0.00570.1492-0.02030.159516.53646.688-3.384
110.08640.37710.01913.18852.39456.48780.0429-0.00090.0571-0.1785-0.35170.67540.0908-0.64130.30880.17930.045-0.08220.1629-0.07560.25467.353515.10122.7821
1214.05961.33424.00228.75612.32524.856-0.1413-0.509-0.19750.45070.14760.11810.1039-0.1624-0.00620.1515-0.00480.01870.14950.00520.13918.603613.765811.446
136.47-1.6131-2.543315.51920.94645.547-0.0533-0.1632-0.3680.37290.04260.22340.2765-0.13380.01060.134-0.00050.01060.13940.00730.155910.56158.31218.7133
142.6983-4.51160.83848.0596-0.12583.42050.1940.0576-0.0915-0.2711-0.15210.13830.2145-0.0912-0.04190.1638-0.0161-0.05220.15670.02670.209519.9936.88799.6431
153.3267-0.22921.42321.5413-1.42249.26480.0272-0.1785-0.2027-0.10320.12670.29790.05290.0213-0.15390.11710.0081-0.01580.106-0.01840.13818.471416.47060.9077
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A224 - 229
2X-RAY DIFFRACTION2A230 - 235
3X-RAY DIFFRACTION3A236 - 239
4X-RAY DIFFRACTION4A243 - 249
5X-RAY DIFFRACTION5A250 - 256
6X-RAY DIFFRACTION6A257 - 261
7X-RAY DIFFRACTION7A262 - 272
8X-RAY DIFFRACTION8A285 - 289
9X-RAY DIFFRACTION9A290 - 295
10X-RAY DIFFRACTION10A296 - 302
11X-RAY DIFFRACTION11A303 - 308
12X-RAY DIFFRACTION12A309 - 313
13X-RAY DIFFRACTION13A314 - 318
14X-RAY DIFFRACTION14A319 - 324
15X-RAY DIFFRACTION15A325 - 330

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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