PDB-3h8h: Structure of the C-terminal domain of human RNF2/RING1B;

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h8h

タイトル

Structure of the C-terminal domain of human RNF2/RING1B;

要素

E3 ubiquitin-protein ligase RING2

キーワード

TRANSCRIPTION / UBIQUITIN FOLD / LIGASE / RING1B / POLYCOMB / E3-LIGASE / NUCLEAR PROTEIN / CHROMOSOMAL PROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATION / METAL-BINDING / PROTO-ONCOGENE / CHROMATIN REGULATOR / UBL CONJUGATION PATHWAY / REPRESSOR / TRANSCRIPTION REGULATION COMPLEX / Nucleus / Phosphoprotein / Zinc-finger / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H2AK119 ubiquitin ligase activity / PRC1 complex / RING-like zinc finger domain binding / sex chromatin / PcG protein complex / SUMOylation of DNA methylation proteins / gastrulation with mouth forming second / SUMOylation of RNA binding proteins / anterior/posterior axis specification / Transcriptional Regulation by E2F6 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Walker, J.R. / Bezsonova, I. / Bacik, J. / Duan, S. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Ring1B contains a ubiquitin-like docking module for interaction with Cbx proteins.
著者: Bezsonova, I. / Walker, J.R. / Bacik, J.P. / Duan, S. / Dhe-Paganon, S. / Arrowsmith, C.H.

履歴

登録	2009年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3h8h.ent.gz	40.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	3h8h_full_validation.pdf.gz	736.4 KB	表示
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CIF形式データ	3h8h_validation.cif.gz	8.8 KB	表示
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カスパーゼ (Caspases)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase RING2

ヘテロ分子

13.3 kDa, 1 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: E3 ubiquitin-protein ligase RING2

ヘテロ分子

A: E3 ubiquitin-protein ligase RING2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 2 ポリマー
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3

A: E3 ubiquitin-protein ligase RING2

ヘテロ分子

A: E3 ubiquitin-protein ligase RING2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 2 ポリマー
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4

A: E3 ubiquitin-protein ligase RING2

ヘテロ分子

A: E3 ubiquitin-protein ligase RING2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.169, 72.169, 90.966
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase RING2 / RING finger protein 2 / RING finger protein 1B / RING1b / RING finger protein BAP-1 / DinG protein ...RING finger protein 2 / RING finger protein 1B / RING1b / RING finger protein BAP-1 / DinG protein / Huntingtin-interacting protein 2-interacting protein 3 / HIP2-interacting protein 3 分子量: 12646.210 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 220-330 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAP1, DING, HIPI3, RING1B, RNF2 / プラスミド: PET28MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus 参照: UniProt: Q99496, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

#1: タンパク質

E3 ubiquitin-protein ligase RING2 / RING finger protein 2 / RING finger protein 1B / RING1b / RING finger protein BAP-1 / DinG protein ...

分子量: 12646.210 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 220-330 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAP1, DING, HIPI3, RING1B, RNF2 / プラスミド: PET28MHL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus
参照: UniProt: Q99496, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

-
非ポリマー , 5種, 63分子

#2: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL 分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.72 %
結晶化	温度: 289 K / pH: 7.5 詳細: 2 M AMMONIUM SULPHATE, 2% PEG 400, 0.1 M HEPES, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月7日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→27.28 Å / Num. obs: 9884 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.2 % / R_sym value: 0.112 / Net I/σ(I): 28.58
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / R_sym value: 0.724 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SOLVE		位相決定
RESOLVE		モデル構築
REFMAC	5.5.0063	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→27.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 7.699 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.244	471	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.202	9415	99.2 %	-
all	-	9884	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.34 Å²	0.17 Å²	0 Å²
2-	-	0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→27.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	724	0	25	59	808

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	785
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.702	1.999	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.877	5	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.336	23.448	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.845	15	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.021	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.924	1.5	476
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.648	2	769
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.503	3	309
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.9	4.5	293
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	38	-
R_work	0.239	617	-
obs	-	-	92.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.626	0.1967	-7.144	4.9217	-3.9755	17.0331	-0.1039	-0.6015	0.003	0.7723	0.1331	-0.002	0.0177	0.0157	-0.0293	0.2576	-0.0591	-0.0385	0.3429	0.0054	0.2134	19.3779	15.4742	14.5417
2	3.5456	0.6496	2.9281	3.4806	0.9994	9.2891	-0.0551	-0.172	0.0876	0.2039	0.0378	-0.1039	-0.0922	0.0772	0.0173	0.1139	0.0088	0.0068	0.1142	0.0014	0.1469	21.1537	17.6368	-1.4682
3	8.5008	6.7937	-2.5489	10.3547	1.0361	6.0269	0.2172	-0.1757	0.0644	0.115	-0.0109	-0.9498	-0.6784	0.8204	-0.2063	0.2715	-0.0322	-0.0638	0.2494	-0.0178	0.386	21.3709	21.3737	-7.2758
4	6.4853	0.2397	-3.4077	8.491	-2.3821	9.7438	0.2324	-0.224	-0.1459	0.0118	0.014	-0.2944	-0.2565	1.0604	-0.2464	0.146	-0.0268	-0.07	0.2112	-0.0277	0.2161	24.8179	20.7976	7.2116
5	6.4116	2.8777	6.4932	6.5519	-0.9201	9.686	0.3835	-0.4714	0.0191	0.5805	-0.2693	0.2397	0.2586	-0.2371	-0.1142	0.2062	0.0396	0.0351	0.1924	-0.0168	0.1037	11.8493	19.4272	13.575
6	9.9193	4.3011	-0.3619	11.7495	-1.5519	9.7643	-0.0694	-0.1405	0.0011	0.3367	0.1404	0.203	-0.127	-0.2885	-0.071	0.1327	0.0142	-0.0076	0.1196	-0.0114	0.1282	10.4346	24.8751	6.8846
7	9.6922	0.6032	-1.058	3.8521	-0.8242	0.7167	-0.1488	0.2874	-0.082	-0.367	0.1697	0.0387	-0.0091	0.1743	-0.0209	0.2468	-0.0452	-0.0125	0.1757	-0.041	0.1735	18.7742	29.9051	3.4612
8	12.2208	4.6742	3.7982	6.808	2.9266	5.196	0.1749	0.0862	0.0395	-0.0843	0.0094	-0.1423	-0.1891	0.281	-0.1842	0.2682	0.016	0.0018	0.2578	0.0172	0.2506	16.988	32.0032	-1.0833
9	4.238	-1.3397	2.0302	9.3746	-4.4029	5.634	-0.0663	0.1959	0.3844	0.1332	-0.3056	-0.2074	-0.2559	0.0989	0.3719	0.1105	-0.0248	-0.0402	0.0995	0.0014	0.1206	12.1979	20.1293	-1.041
10	3.4888	1.5413	-1.8328	3.5577	2.6996	8.7494	0.006	0.3028	-0.0949	-0.1257	-0.0279	-0.2549	0.2074	-0.1827	0.0218	0.1489	0.0167	-0.0057	0.1492	-0.0203	0.1595	16.5364	6.688	-3.384
11	0.0864	0.3771	0.0191	3.1885	2.3945	6.4878	0.0429	-0.0009	0.0571	-0.1785	-0.3517	0.6754	0.0908	-0.6413	0.3088	0.1793	0.045	-0.0822	0.1629	-0.0756	0.2546	7.3535	15.1012	2.7821
12	14.0596	1.3342	4.0022	8.7561	2.3252	4.856	-0.1413	-0.509	-0.1975	0.4507	0.1476	0.1181	0.1039	-0.1624	-0.0062	0.1515	-0.0048	0.0187	0.1495	0.0052	0.1391	8.6036	13.7658	11.446
13	6.47	-1.6131	-2.5433	15.5192	0.9464	5.547	-0.0533	-0.1632	-0.368	0.3729	0.0426	0.2234	0.2765	-0.1338	0.0106	0.134	-0.0005	0.0106	0.1394	0.0073	0.1559	10.5615	8.3121	8.7133
14	2.6983	-4.5116	0.8384	8.0596	-0.1258	3.4205	0.194	0.0576	-0.0915	-0.2711	-0.1521	0.1383	0.2145	-0.0912	-0.0419	0.1638	-0.0161	-0.0522	0.1567	0.0267	0.2095	19.993	6.8879	9.6431
15	3.3267	-0.2292	1.4232	1.5413	-1.4224	9.2648	0.0272	-0.1785	-0.2027	-0.1032	0.1267	0.2979	0.0529	0.0213	-0.1539	0.1171	0.0081	-0.0158	0.106	-0.0184	0.138	18.4714	16.4706	0.9077

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	224 - 229
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	230 - 235
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	236 - 239
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	243 - 249
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	250 - 256
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	257 - 261
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	262 - 272
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	285 - 289
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	290 - 295
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	296 - 302
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	303 - 308
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	309 - 313
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	314 - 318
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	319 - 324
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	325 - 330

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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