PDB-3h6o: Activator-Bound Structure of Human Pyruvate Kinase M2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h6o

タイトル

Activator-Bound Structure of Human Pyruvate Kinase M2

要素

Pyruvate kinase isozymes M1/M2

キーワード

TRANSFERASE / activator / Allosteric enzyme / Glycolysis / Kinase / Magnesium / Metal-binding / Phosphoprotein / Pyruvate / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Hong, B. / Dimov, S. / Tempel, W. / Auld, D. / Thomas, C. / Boxer, M. / Jianq, J.-K. / Skoumbourdis, A. / Min, S. / Southall, N. ...

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Activator-Bound Structures of Human Pyruvate Kinase M2
著者: Hong, B. / Dimov, S. / Tempel, W. / Auld, D. / Thomas, C. / Boxer, M. / Jianq, J.-K. / Skoumbourdis, A. / Min, S. / Southall, N. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. ...

履歴

登録	2009年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h6o.cif.gz	380.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h6o.ent.gz	304.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h6o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3h6o_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3h6o_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	3h6o_validation.xml.gz	69.7 KB	表示
CIF形式データ	3h6o_validation.cif.gz	97 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/3h6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/3h6o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gqySC 3gr4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6d8k-d 6nn8-1 6eck-1 1aqf-2 5ccv-10 5x1w-d 4xb6-d 6nn8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (15) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase isozymes M1/M2

B: Pyruvate kinase isozymes M1/M2

C: Pyruvate kinase isozymes M1/M2

D: Pyruvate kinase isozymes M1/M2

ヘテロ分子

242 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.343, 155.690, 101.789
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.040, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

authors state that they have not independently confirmed the biological unit to be tetrameric.

#1: タンパク質

Pyruvate kinase isozymes M1/M2 / Pyruvate kinase muscle isozyme / Pyruvate kinase 2/3 / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / ...

分子量: 60050.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKM2, PK2, PK3, PKM / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase

#2: 糖

ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂

#3: 化合物

...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION

分子数: 31 / 由来タイプ: 合成

#4: 化合物

ChemComp-D8G / 6-(2-fluorobenzyl)-2,4-dimethyl-4,6-dihydro-5H-thieno[2',3':4,5]pyrrolo[2,3-d]pyridazin-5-one

分子量: 327.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₄FN₃OS

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris, 0.005M activator, pH 5.5, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年2月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→20 Å / Num. obs: 157058 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Χ²: 1.921 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	3.6	0.947	15625	1.453	1	96.8
2.07-2.15	3.6	0.701	15691	1.502	1	97.3
2.15-2.25	3.5	0.484	15746	2.14	1	97.4
2.25-2.37	3.6	0.443	15852	1.892	1	97.9
2.37-2.52	3.7	0.273	15863	1.662	1	98.3
2.52-2.71	3.7	0.184	16020	1.736	1	98.8
2.71-2.99	3.7	0.116	16020	1.902	1	99.1
2.99-3.42	3.7	0.069	16122	2.143	1	99.4
3.42-4.3	3.4	0.045	13775	2.713	1	84.9
4.3-20	3.8	0.034	16344	2.197	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング

精密化

開始モデル: Direct placement of PDB entry 3GQY

3gqy

解像度: 2→19.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / WR_factor R_free: 0.264 / WR_factor R_work: 0.229 / SU B: 13.53 / SU ML: 0.184 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Atomic B-factors are residuals from TLS refinement. Phenix, coot, molprobity, prodrg were also used during refinement.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.287	1859	1.219 %	thin shells (SFTOOLS)
R_work	0.247	-	-	-
obs	0.248	152479	94.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.749 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.396 Å²	0 Å²	-2.3 Å²
2-	-	1.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.698 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14722	0	157	305	15184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_refined_d	0.012	0.022	15192
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_other_d	0.002	0.02	10132
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_refined_deg	1.162	1.976	20637
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_other_deg	0.862	3	24701
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_1_deg	5.402	5	1976
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_2_deg	32.837	23.609	604
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_3_deg	13.054	15	2486
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_4_deg	16.519	15	118
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	0.2	2383
X-RAY DIFFRACTION	f_gen_planes_refined	0.003	0.02	17008
X-RAY DIFFRACTION	f_gen_planes_other	0.001	0.02	2934
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	0.189	0.2	3234
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_other	0.186	0.2	10903
X-RAY DIFFRACTION	f_nbtor_refined	0.164	0.2	7429
X-RAY DIFFRACTION	f_nbtor_other	0.081	0.2	7642
X-RAY DIFFRACTION	f_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	494
X-RAY DIFFRACTION	f_symmetry_vdw_refined	0.021	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	f_symmetry_vdw_other	0.265	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	f_symmetry_hbond_refined	0.184	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	f_mcbond_it	1.073	2	10126
X-RAY DIFFRACTION	f_mcbond_other	0.273	2	4011
X-RAY DIFFRACTION	f_mcangle_it	1.542	3	15769
X-RAY DIFFRACTION	f_scbond_it	1.025	2	5806
X-RAY DIFFRACTION	f_scangle_it	1.457	3	4863

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.051	0.394	126	0.327	11185	11832	95.597
2.051-2.107	0.395	123	0.303	10974	11529	96.253
2.107-2.167	0.29	141	0.293	10716	11247	96.532
2.167-2.233	0.397	101	0.406	8539	10878	79.426
2.233-2.306	0.527	99	0.402	9430	10600	89.896
2.306-2.385	0.318	107	0.281	9722	10236	96.024
2.385-2.474	0.293	115	0.268	9562	9952	97.237
2.474-2.573	0.318	125	0.269	9077	9429	97.593
2.573-2.686	0.301	120	0.264	8831	9190	97.399
2.686-2.814	0.328	104	0.261	8459	8764	97.707
2.814-2.963	0.328	107	0.261	7998	8298	97.674
2.963-3.139	0.278	90	0.257	7647	7917	97.726
3.139-3.35	0.336	85	0.253	7119	7390	97.483
3.35-3.609	0.312	64	0.241	4788	6944	69.873
3.609-3.941	0.261	63	0.231	5837	6410	92.044
3.941-4.385	0.213	90	0.192	5594	5823	97.613
4.385-5.023	0.216	65	0.176	5115	5191	99.788
5.023-6.057	0.279	65	0.23	4352	4425	99.819
6.057-8.197	0.247	43	0.229	3468	3515	99.886
8.197-19.96	0.226	26	0.189	2207	2245	99.465

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5857	-0.0279	0.0416	0.6509	-0.004	1.0889	0.0476	0.0524	0.06	0.02	-0.0504	0.0692	0.0367	-0.1071	0.0027	-0.2158	-0.014	0.0298	-0.0652	-0.0025	-0.1276	-12.028	4.11	7.221
2	1.3219	0.0427	0.0926	0.7634	0.0473	0.7314	0.0325	0.1338	0.1526	-0.0893	-0.0058	-0.0237	-0.0331	0.0648	-0.0268	-0.2002	0.0074	0.049	-0.1089	0.0387	-0.0827	21.014	16.555	0.81
3	0.7407	0.2064	0.3774	1.0753	0.4063	1.1162	0.0994	0.0163	-0.1315	0.1625	0.0076	-0.0426	0.4169	0.0932	-0.1071	0.2482	0.019	-0.055	-0.1137	0.0127	-0.0871	14.339	-34.186	32.21
4	0.8826	0.2155	0.0485	1.1453	0.1274	1.0638	0.0723	-0.1551	-0.0179	0.3203	0.0038	-0.0378	0.1789	0.0794	-0.0762	0.058	0.0479	-0.0627	-0.0303	-0.0378	-0.1177	28.214	-6.39	50.554

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 531
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	14 - 531
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	14 - 531
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	14 - 531

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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