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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3h6m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V104E at cryogenic temperature | ||||||
要素 | Thermonuclease | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Staphylococcal nuclease / hyperstable variant / pdtp / Calcium / Endonuclease / Membrane / Metal-binding / Nuclease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Khangulov, V.S. / Schlessman, J.L. / Heroux, A. / Garcia-Moreno, E.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V104E at cryogenic temperature 著者: Khangulov, V.S. / Schlessman, J.L. / Heroux, A. / Garcia-Moreno, E.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3h6m.cif.gz | 44.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3h6m.ent.gz | 29.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3h6m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3h6m_validation.pdf.gz | 789.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3h6m_full_validation.pdf.gz | 790.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3h6m_validation.xml.gz | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3h6m_validation.cif.gz | 12 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/3h6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/3h6m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3bdcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16173.447 Da / 分子数: 1 変異: 44-49 deletion, G50F, V51N, V104E, P117G, H124L, S128A 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: nuc / プラスミド: pET24a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00644, micrococcal nuclease |
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#2: 化合物 | ChemComp-THP / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.48 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 30% MPD, 25 mM Potassium Phosphate, Calcium Chloride, pdTp, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月15日 詳細: Meridionally-bent fused silica mirror with palladium and uncoated stripes |
放射 | モノクロメーター: Double silicon(111) crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 15538 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rsym value: 0.165 / Net I/σ(I): 19.782 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Mean I/σ(I) obs: 19.789 / Rsym value: 0.165 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 3BDC 解像度: 1.7→38.205 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 1.937 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 49.39 Å2 / Biso mean: 18.556 Å2 / Biso min: 6.06 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.205 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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